| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,299,862 | T→G | intergenic (+160732/+93449) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,299,862 | 0 | T | G | 91.2% | 145.1 / ‑3.7 | 68 | intergenic (+160732/+93449) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/6); new base G (34/28); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CACGTCTTCCATATTAGCGGTGAAATCGTAGTTCATTAAATCGGCGAAAGACTGATTCAACCGATCCGTTACGATTTCCCCCATTTTTT‑CCGCATAGAAACGACGATTTTCGGTGCGTACATAACCGCGTTCCTGAATTGTAGAGATAATCGCTGCATAAGTGGAAGGACGGCCGATACCACGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGTTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATTCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATTGTGCCGCAGGCATTTGACATG > 1/1299631‑1300079 | cACGTCTTCCATATTAGCGGTGAAATCGTAGTTCATTAAATCGGCGAAAGACTGATTCAACCGATCCGTTACGATTTCCCCCATTTTTT‑CCGCATAGAAACGACGATTTTCGGTGCGTACATAACCGCGTTCCTGAATTGTAGAGATAATCGCTGCATAAGTGGAAGGACGGCCGATACCACGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATtgctg < 1:107508/249‑1 (MQ=255) gTCTTCCATATTAGCGGTGAAATCGTAGTTCATTAAATCGGCGAAAGACTGATTCAACCGATCCGTTACAATTTCCCCCATTTTTT‑CCGCATAGAAACGACGATTTTCGGTGCGTACATAACCGCGTTCCTGAATTGTAGAGATAATCGCTGCATAAGTGGAAGGACGGCCGATACCACGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGtt > 1:624662/1‑251 (MQ=255) tCTTCCATATTAGCGGTGAAATCGTAGTTCATTAAATCGGCGAAAGACTGATTCAACCGATCCGTTACGATTTCCCCCATTTTTT‑CCGCATAGAAACGACGATTTTCGGTGCGTACATAACCGCGTTCCTGAATTGTAGAGATAATCGCTGCATAAGTGGAAGGACGGCCGATACCACGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGGTGGGGAAATATTGCTGCGGTTg > 1:846030/1‑251 (MQ=255) tatTAGCGGTGAAATCGTAGTTCATTAAATCGGCGAAAGACTGATTCAACCGATCCGTTACGATTTCCCCCATTTTTT‑CCGCATAGAAACGACGATTTTCGGTGCGTACATAACCGCGTTCCTGAATTGTAGAGATAATCGCTGCATAAGTGGAAGGACGGCCGATACCACGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTc > 1:667518/1‑250 (MQ=255) 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ccccttttttCAAATTCTTTTCCCAACGCTGCTTCAGAGAACCGTGCCGGCGGTTTGGTAAAATATTGCTGCGTTTGCACTCCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATtg < 1:596608/246‑1 (MQ=255) ccACTTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAACCTTGCCGGCGGTTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCTCTTCCGACAAGTTAAGTTTATCTTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATtg < 1:387383/251‑1 (MQ=255) ccACGTTTTTCCAATTCTTTTCCCACCGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGGGGGTTGGTAAAATATTGCGGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGAAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATtg < 1:666844/251‑1 (MQ=255) cGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGGAAACGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTTCTTTTTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTTGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATtg > 1:592651/1‑248 (MQ=255) cTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAAAATTGTTGCGGTTGCACTTCCCACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGGAACGCCTGTTCCTCTGCAGAATTACTTTGTTGCAGTaaaac > 1:397674/1‑142 (MQ=255) ttttCCCACCGCTGCTTCAGAGAAACGGGCCGGGGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAATTTAATTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATTGTGCCGCAGGCATTTGAc < 1:626368/251‑1 (MQ=255) ttttACCACCGCTGCTTCAGAGAAACGGGCGGGGGGGTTGGTAAAATATTGCGGCGGTTGCACTCCCGACAAGTTAATTTTATCGTT‑ACCGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATTGTGCCGCAGGCATTTGAc < 1:484089/251‑1 (MQ=255) tACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATTGTGCCGCAGGCATTTGACATg > 1:312310/1‑251 (MQ=255) tACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATTGTGCCGCAGGCATTTGACATg > 1:451910/1‑251 (MQ=255) aCGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTAAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAATTTTATCTTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAAtcc < 1:368871/191‑3 (MQ=255) gctTCAGAGAAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCatat > 1:843918/1‑219 (MQ=255) gaAACGTGCCGGCGGGTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATCCCCCGCTGTTACGGtt > 1:46200/1‑193 (MQ=255) | CACGTCTTCCATATTAGCGGTGAAATCGTAGTTCATTAAATCGGCGAAAGACTGATTCAACCGATCCGTTACGATTTCCCCCATTTTTT‑CCGCATAGAAACGACGATTTTCGGTGCGTACATAACCGCGTTCCTGAATTGTAGAGATAATCGCTGCATAAGTGGAAGGACGGCCGATACCACGTTTTTCCAATTCTTTTACCAACGCTGCTTCAGAGAAACGTGCCGGCGGTTTGGTGAAATATTGCTGCGGTTGCACTTCCGACAAGTTAAGTTTATCGTT‑AACGGAAACCGCCGGTAACGCCTGATCTTCTGCAGATTTACTTTGTTGCAGTAACACTTTGGTCCAACCGTCAAAACGTAAAATGCG‑CCCTTTCGCGGTTAAACTGTAATTCCCCGCTGTTACGGTTAATGTTGTGCTGTCATATTGTGCCGCAGGCATTTGACATG > 1/1299631‑1300079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |