| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,257,522 | A→G | intergenic (+118392/+135789) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,257,522 | 0 | A | G | 98.3% | 166.1 / ‑6.2 | 60 | intergenic (+118392/+135789) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (23/36); minor base C (1/0); total (24/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GTACGGAAACCGTGAATAATCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACACCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAGGGTGG > 1/1257281‑1257764 | gTACGGAAACCGTGAATAATCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATgggg < 1:861637/250‑1 (MQ=255) gAAAGCGTGAATAATCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGGACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATGCTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGc < 1:395143/250‑1 (MQ=255) tGAATAATCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGc < 1:856688/250‑1 (MQ=255) aatCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATgggg < 1:252296/233‑1 (MQ=255) aatCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGa < 1:35027/251‑1 (MQ=255) ccGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGAt < 1:886790/251‑1 (MQ=255) gCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGAAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGGTTCAGTGGGTGGAt > 1:261573/1‑251 (MQ=255) aCGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAg < 1:111146/251‑1 (MQ=255) ggAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCa < 1:732043/250‑1 (MQ=255) ggAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCa < 1:87170/250‑1 (MQ=255) 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gAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGATAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGGGGATTCTGAAACGCCCTGGGGGGTGCCGCATGCGGGGGTTTATGTTTTGGATGAGTTGTTTCAGAGGGTGGATAGTATTAGCCAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGGGTTTTaatattg > 1:409155/1‑245 (MQ=255) gATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGGGGGTTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGGGGATAGGATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGGGGGGGTTTACATAAAGCATCGGca > 1:80868/1‑250 (MQ=255) aaGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGcactcact < 1:582948/251‑1 (MQ=255) aaGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGGGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGGGTTTTACATAAAGCATCGGcactca > 1:353763/1‑249 (MQ=255) gTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGGGGATAGTATTAGCa > 1:900084/1‑189 (MQ=255) aaaCGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATGGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGt < 1:436060/251‑1 (MQ=255) aCGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTag < 1:302714/251‑1 (MQ=255) cagcaTTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGGTTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGGGGGTGGGTAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGGGGTGGTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAgg > 1:375680/1‑251 (MQ=255) gcaTTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTg > 1:76388/1‑205 (MQ=255) gcgcACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTAt < 1:203275/168‑1 (MQ=255) 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cTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTaa < 1:804225/153‑1 (MQ=255) cTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAg < 1:461362/220‑1 (MQ=255) cTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGGGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCaaaa > 1:477184/1‑251 (MQ=255) tATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAAc < 1:356625/251‑1 (MQ=255) aTTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGAtt < 1:602927/88‑1 (MQ=255) aTTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGt < 1:518794/195‑1 (MQ=255) aTTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGCATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGcactcactgc < 1:685495/192‑3 (MQ=255) gTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGc < 1:386598/173‑1 (MQ=255) 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tataAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTg < 1:335245/251‑1 (MQ=255) ataAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGc < 1:584008/239‑1 (MQ=255) aaaTTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACg < 1:154096/182‑1 (MQ=255) gCGTATGGCGGGTAAGCAGGGGGATTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGGGGGGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCactac > 1:240329/1‑166 (MQ=255) 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aTTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAggg < 1:748364/250‑1 (MQ=255) aTTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAggg < 1:117302/250‑1 (MQ=255) aTTATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATC‑AAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAGggt < 1:633462/250‑1 (MQ=255) tATGAAACGCCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAGggtgg < 1:807806/251‑1 (MQ=255) | GTACGGAAACCGTGAATAATCAGCATTTCACCGTTTTTTCTTGGCAACACAGCACGGAAAAGGGAAAGATGGCGGATAAAAATGTGGTGCGCTTAATGAACGCCATGAATTATGTGGATCAAAGTAAAACGCAGCATTGGCGCACTCGGGTCGGCACCTCCGACCGTGATACTTCGCACGCTATTGGTGCTATGTTAGCTATAAAATTGCGTATGGCGGGTAAGCAGGTGGATTATGAAACACCATGGGGCGTGCCGCATGCGGGGGATTATGATTTGGATGAGTTGTTTCAGTGGGTGGATAGTATTAGCAAATAGTTTACGGGAATGGTAAAAGTGCGGTGGTGTTTTACATAAAGCATCGGCACTCACTACTGTAGAGGACGATCGTTGAGCTTGAGTCAGAGCTTGTGGAGCTTCTGGCTATCAAAACATTGGGCCTGTTCCACTGGGACATGAAATAGCAATGTAATACCTAAGGGTGG > 1/1257281‑1257764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |