| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,221,468 | A→G | intergenic (+82338/+171843) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,221,468 | 0 | A | G | 98.5% | 197.4 / ‑2.8 | 65 | intergenic (+82338/+171843) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (34/30); minor base . (1/0); total (35/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
TTGAGTTAAAAGTGCGGTGGTTTTCCTCAGTGTTTCTTATTCTCCCTAGGCGTGTTTAGTCAATACGTTGGCATGCTATTCTCTCCCAAATTTTTCATTAAACTGAAAACTAAATCCACTATCTGAATTGTGCATAGTGTTAAGCGTGATCATGATCACAATATTCGAAAATTGTCCGCGTCTTTGTTTCCTTTGATTTCGTTTGCTATGATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTAAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGTTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCGTAGTACCAAATTAGTTCACGGCGGCGTGCGTTATTT > 1/1221227‑1221707 | ttGAGTTAAAAGTGCGGTGGTTTTCCTCAGTGTTTCTTATTCTCCCTAGGCGTGTTTAGTCAATACGTTGGCATGCTATTCTCTCCCAAATTTTTCATTAAACTGAAAACTAAATCCACTATCTGAATTGTGCATAGTGTTAAGCGTGATCATGATCACAATATTCGAAAATTGTCCGCGTCTTTGTTTCCTTTGATTTCGTTTGCTATGATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAAc < 1:605113/251‑1 (MQ=255) 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cGTTTGCTATGATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGTTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCgtagta > 1:820405/1‑251 (MQ=255) gATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCggt > 1:813120/1‑135 (MQ=255) gATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGAt < 1:762665/168‑1 (MQ=255) gATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGTTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCGTAGTACCAAATTAGt > 1:540596/1‑251 (MQ=255) aaaaTGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGAt < 1:840150/165‑1 (MQ=255) aaTGAGCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGAt > 1:245900/1‑163 (MQ=255) gCATAAACGAACATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGTTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCGTAGTACCAAATTAGTTCAcggcgg > 1:186821/1‑250 (MQ=255) cATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGTGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTAt < 1:637059/104‑1 (MQ=255) cATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAAc > 1:765382/1‑170 (MQ=255) cATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGTTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCGTAGTACCAAATTAGTTCACGGCGGCGTGCGTTAttt < 1:867045/251‑1 (MQ=255) cATTTAGATTTGAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGGTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCGTAGTACCAAATTAGTTCACGGCGGCGTGCGTTAttt > 1:300007/1‑251 (MQ=255) | TTGAGTTAAAAGTGCGGTGGTTTTCCTCAGTGTTTCTTATTCTCCCTAGGCGTGTTTAGTCAATACGTTGGCATGCTATTCTCTCCCAAATTTTTCATTAAACTGAAAACTAAATCCACTATCTGAATTGTGCATAGTGTTAAGCGTGATCATGATCACAATATTCGAAAATTGTCCGCGTCTTTGTTTCCTTTGATTTCGTTTGCTATGATAAAATGAGCATAAACGAACATTTAGATTTAAAAATGAACAGATTTATATCAAATTCGAGGTGGAAAATGCAAAGAAATATTGAACTTGAGAAAGTAACGAGTACGGATAAATGGGATTTTATTGTCATCGGTGGTGGCGCCAGCGGTTTAGGGATTGCTTTAGATGCCGCATCTCGTGGCTATAAAACCTTGTTGTTGGAAGGTTATGACTTTGCAAAAGGGACTTCAAGCCGTAGTACCAAATTAGTTCACGGCGGCGTGCGTTATTT > 1/1221227‑1221707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |