| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,208,104 | G→T | intergenic (+68974/+185207) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,208,104 | 0 | G | T | 98.1% | 149.4 / ‑3.9 | 53 | intergenic (+68974/+185207) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (35/17); total (35/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GCATTATTTTGCGTATTACATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTGGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAGATTGAATAGGTTTTGGTTAAGGAGAATCGCGGGAAATCCGATGAAAAATTACACTTTTTTACATTTGGCTGGTTTTTTCTGTGAATTTTTTGTTAG > 1/1207898‑1208329 | gCATTAATTTGCGTATTACATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATa > 1:663703/1‑250 (MQ=255) attTTGCGTATTACATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATAc > 1:133540/1‑246 (MQ=255) gCGTATTACATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTgtgg < 1:282704/246‑1 (MQ=255) ttACATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATa > 1:307711/1‑250 (MQ=255) cATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGc > 1:33600/1‑250 (MQ=255) 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aaGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAg < 1:222507/251‑1 (MQ=255) gggCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAGAt < 1:90957/250‑1 (MQ=255) tCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATgg > 1:82900/1‑202 (MQ=255) cGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATAc > 1:253329/1‑157 (MQ=255) 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gATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATAc > 1:589785/1‑131 (MQ=255) gATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAg > 1:132666/1‑216 (MQ=255) gATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAGATTGAATAGGtt > 1:857253/1‑228 (MQ=255) tGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGt > 1:589920/1‑172 (MQ=255) cTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTtgttttgttt > 1:202374/1‑75 (MQ=255) 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cTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCtattat > 1:486734/1‑154 (MQ=255) cTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAGATTGAATAGGTTTTGGTTAAGGAGAATCGCGGGAAATCCGATGAAAAATTACACTTTTTTACATTTGGCTGGTTTTTTCTGTGAATTTTTTGt > 1:480253/1‑251 (MQ=255) ttgcAAAACCTGTTGTTTTGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAGATTGAATAGGTTTTGGTTAAGGAGAATCGCGGGAAATCCGATGAAAAATTACACTTTTTTACATTTGGCTGGTTTTTTCTGTGAATTTTTTGTTAg < 1:719424/244‑1 (MQ=255) | GCATTATTTTGCGTATTACATAAAAACAGAGAATAGCCTTGGCGATAGCAATGTTCTTCCACCGCATGAATGATTTCGGCGAAATAAGGGGCTTCGCTGGTGGTGACGATCATGCCGATGGATTTGGTAGTGTTGACTTTTAAACTGCGCGCCACCGCACTGGGTGAATAATTCAGATCTTTTATTGCTTGCAAAACCTGTTGTTTGGTTTCAGCGGCAACAAAACGGGTTTTATTGATAACGTGGGATACTGTGGTGGTCGATACGCCTGCCATTTTTGCGACATCTTTGATGGTAGCCATAATTTTCTCCGTAAATATTTTGGCTATTATAAAGATTGAATAGGTTTTGGTTAAGGAGAATCGCGGGAAATCCGATGAAAAATTACACTTTTTTACATTTGGCTGGTTTTTTCTGTGAATTTTTTGTTAG > 1/1207898‑1208329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |