| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,167,326 | C→T | intergenic (+28196/+225985) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,167,326 | 0 | C | T | 98.7% | 221.0 / ‑4.8 | 79 | intergenic (+28196/+225985) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (30/48); total (30/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGGGGACGGAGGCGATTTCGTCGAGGGTGGCATTTTTGACGCCTTGCAAGCCGCCGAGGTATTTGAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTCCCATTTGCTCAAAATCAAGGTTTCCAAACCGGCACGACGATCCACGCCTTTGGCAACACCGATTAAGTGCGGTTGGTTTTTGTTCCATTTTACATTAAGGTTTTCGAACACCTGCAACGCGCGGTTGAGTTGTCCCTTGCCGCCGTCGATAAAAATAATGTCGGGAATTTTGTCGTCTTCCAGATCTTTGTCGTAGCGTTTTAACAGGGCTTGTTCCATGGCGGCGTAATCGTCGCCTTTGGTG > 1/1167084‑1167570 | gCCGGGGACGGAGGCGATTTCGTCGAGGGTGGCATTTTTGACGCCTTGCAAGCCGCCGAGGTATTTGAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTg > 1:830068/1‑250 (MQ=255) gCGATTTCGTCGAGGGTGGCATTTTTGACGCCTTGCAAGCCGCCGAGGTATTTGAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTGCTCAAAATCAAgg < 1:57203/250‑1 (MQ=255) tcgtgggTGGCATTTTTGCCGCCTTGCAAGCCGCCGAGGTATTTGAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTGCTCAAAATCAAGGTTTCCAAAcc < 1:238064/247‑1 (MQ=255) tcgAGGGTGTCATTTTTGACGCCTTGCAAGCCGCCGAGGTATTTGAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTGCTCAAAATCAAGGTTTCCAAAcc < 1:248922/251‑1 (MQ=255) 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aTTTGAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTGCTCAAAATCAAGGTTTCCAAACCGGCACGACGATCCACGCCTTTGGCAACACCGATTAAGTg > 1:11910/1‑250 (MQ=255) gAGCAGGGCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTGCTCAAAATCAAGGTTTCCAAACCGGCACGACGATcc < 1:158306/220‑1 (MQ=255) gggCTTGGCGGCGTTTGGCGCCGACGCCTTCAATGCTTTCCAAGCCACTTTGGGTGAAATGTTGTTGGCGTTTTTTGCGGTGTCCGCTAATGGCGTGATTGTGGCTTTCGTCGCGGATATGCTGGATCAAGTGAAGCGCAAGGCTGTCCGCCGGTAAATGCAATTCTTTGTTCCATTTGCTCAAAATCAAGGTTTCCAAACCGGCACGACGATCCACGCCTTTGGCAACACCGATTAAGTGCGGTTGGttt > 1:492567/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |