| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 149,327 | C→T | intergenic (‑13876/+64370) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 149,327 | 0 | C | T | 100.0% | 178.1 / NA | 59 | intergenic (‑13876/+64370) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (24/35); total (24/35) | |||||||||||
AACTTATGATTTTCAGGAGAATAACCAATCCATGATTGAATAACATCAAAATCTAGATCTATTCCAATATTTTTTAGTGCTGGTTTTTTATTTCGTAGTACTGCACCACTACCAAGATGAGTTTCAATATATACGTCATGCGGAGGCATTAAATTAATGATTTTTTGGAAACATTTACCTTTTCCACCTGGATATGTCATATCCCCTCCGTCTACCAATTAAAATAATTATCTCCATAATTGAAGATGATGTCAAATATTTAGGGGCTCATTCGGTGCTAGGGAATTTGTCACTAATGATGTTTGAAGCGAAAAAATATGCTTATCACATTAAATGTGTTTTTACGGCGTTGTAGGATTTTGAACCACCACCTTCAAATAAATCTAGATTTTAGAGTATAAAACTTGTTTCATATTCACATATAAATCATACTAGCCAACAAAAAT > 1/149125‑149570 | aaCTTATGATTTTCAGGAGAATAACCAATCCATGATTGAATAACATCAAAATCTAGATCTATTCCAATATTTTTTAGTGCTGGTTTTTTATTTCGTAGTACTGCACCACTACCAAGATGAGTTTCAATATATACGTCATGCGGAGGCATTAAATTAATGATTTTTTGGAAACATTTACCTTTTCCACCTGGATATGTCATATTCCCTCCGTCTACCAATTAAAATAATTATCTCCATAATTGAAgat < 1:690943/247‑1 (MQ=255) cTTATGATTTTCAGGAGAATAACCAATCCATGATTGAATAACATCAAAATCTAGATCTATTCCAATATTTTTTAGTGCTGGTTTTTTATTTCGTAGTACTGCACCACTACCAAGATGAGTTTCAATATATACGTCATGCGGAGGCATTAAATTAATGATTTTTTGGAAACATTTACCTTTTCCACCTGGATATGTCATATTCCCTCCGTCTACCAATTAAAATAATTATCTCCATAATTGAAGATGATGt > 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1/149125‑149570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |