| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,089,888 | G→C | intergenic (‑165171/‑25220) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,089,888 | 0 | G | C | 98.6% | 202.6 / NA | 72 | intergenic (‑165171/‑25220) | unknown/unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (37/34); minor base A (0/1); total (37/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CGATTAAGAAGTTGGACATTTCAAAACGGCCACCCAATTCGTCGATAAATTGTTGATCCAACCAAGGTTTATAGATTTTTAATTGTGGGTTGGTTAATAAACCGTAGCGGTAAAAACGTTCAATATCGTTGCCCTTGTAGGTGCTGCCGTCGCCCCAAATATGTACGTCGTCTTCTTTCATGGCGGATACCAACATGGTGCCGGTGACCGCACGACCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGTGGCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTATCTAAGCCACCGGAAAAGGCG > 1/1089643‑1090127 | cGATTAAGAAGTTGGACATTTCAAAACGGCCACCCAATTCGTCGATAAATTGTTGATCCAACCAAGGTTTATAGATTTTTAATTGTGGGTTGGTTAATAAACCGTAGCGGTAAAAACGTTCAATATCGTTGCCCTTGTAGGTGCTGCCGTCGCCCCAAATATGTACGTCGTCTTCTTTCATGGCGGATACCAACATGGTGCCGGTGACCGCACGACCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGccgccg > 1:464902/1‑251 (MQ=255) aagTTGGACATTTCAAAACGGCCACCCAATTCGTCGATAAATTGTTGATCCAACCAAGGTTTATAGATTTTTAATTGTGGGTTGGTTAATAAACCGTAGCGGTAAAAACGTTCAATATCGTTGCCCTTGTAGGTGCTGCCGTCGCCCCAAATATGTACGTCGTCTTCTTTCATGGCGGATACCAACATGGTGCCGGTGACCGCACGACCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAAc < 1:386383/251‑1 (MQ=255) tttCAAAACGGCCACCCAATTCGTCGATAAATTGTTGATCCAACCAAGGTTTATAGATTTTTAATTGTGGGTTGGTTAATAAACCGTAGCGGTAAAAACGTTCAATATCGTTGCCCTTGTAGGTGCTGCCGTCGCCCCAAATATGTACGTCGTCTTCTTTCATGGCGGATACCAACATGGTGCCGGTGACCGCACGACCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGgcg > 1:718208/1‑251 (MQ=255) cAATTCGTCGATAAATTGTTGATCCAACCAAGGTTTATAGATTTTTAATTGTGGGTTGGTTAATAAACCGTAGCGGTAAAAACGTTCAATATCGTTGCCCTTGTAGGTGCTGCCGTCGCCCCAAATATGTACGTCGTCTTCTTTCATGGCGGATACCAACATGGTGCCGGTGACCGCACGACCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGgcag < 1:714475/251‑1 (MQ=255) 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aCCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTAt > 1:761000/1‑251 (MQ=255) ccTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTATc < 1:733258/251‑1 (MQ=255) cTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTATCt < 1:763372/251‑1 (MQ=255) 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cGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTATCTAAGc < 1:813359/251‑1 (MQ=255) gAGTGGTGTTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTATCTAAGcc < 1:420831/250‑1 (MQ=255) gtgtTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTc > 1:350090/1‑161 (MQ=255) gtgtTGAAATAGGTGGCGCCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAg > 1:441012/1‑221 (MQ=255) 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CGATTAAGAAGTTGGACATTTCAAAACGGCCACCCAATTCGTCGATAAATTGTTGATCCAACCAAGGTTTATAGATTTTTAATTGTGGGTTGGTTAATAAACCGTAGCGGTAAAAACGTTCAATATCGTTGCCCTTGTAGGTGCTGCCGTCGCCCCAAATATGTACGTCGTCTTCTTTCATGGCGGATACCAACATGGTGCCGGTGACCGCACGACCTAACGGAGTGGTGTTGAAATAGGTGGTGGCGCCGGTGGAAACGTGGAAGGCGCCGCATTGAATGGCAGCAATACCTTCTTGTGCCAATTGGGTGCGGCAGTCGATTAAACGCGCCATTTCTGCGCCATATTCTTTCGCTTTACGCGGGATTGCGTTGTAGTCGTCTTCGTCCGGTTGACCTAAATTGGCGGTGTAAGCGCAAGGAATGGCGCCTTTTTGACGCATCCAAAGCAATGCCGCGCTGGTATCTAAGCCACCGGAAAAGGCG > 1/1089643‑1090127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |