Predicted mutation
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RA	1	1,037,271	G→C	intergenic (‑112554/‑77837)	unknown ← / → unknown	tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT

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*	1	1,037,271	0	G	C	100.0%	108.0 / NA	39	intergenic (‑112554/‑77837)	unknown/unknown	tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (13/26);  total (13/26)

AAGGAAAAATCAAAATTAGAAAAAAAGCGGCTAAATTTAAAAATGTGCAATTTAACCACTTAATTTAAGAAATTTAAAGAAAGGCTTTAAAAAGTGTTTAAAAATCGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTGTACGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCCGCCTCTTGTTGGGTTAAATGGATCGGTGG‑‑‑‑GCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAAGCCATCCCAGTTGATTTTAACGCGTTTAACCCATACGCTGGCGCCATTTTGCACTAAGTAAATCTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTAATAAATCTATTAAAGGCTAATGCTG  >  1/1037039‑1037384                                                                                                                                                                                                                                             |                                                                                                                  gggtggttttgtcgttaaagttagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGAt                                                                                                     >  1:30578‑M2/208‑251 (MQ=255)        tttgtcgttaaagttagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAAcg                                                                                              <  1:709294‑M2/51‑1 (MQ=255) 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                                                                     acttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCtcttt                                >  1:645803‑M2/139‑251 (MQ=255)                                                                       cttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCtctttc                               <  1:346617‑M2/114‑1 (MQ=255) 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                                                                                                   aaaaaaCGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTGCACGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCGGCTTCAGCTTGGGTTAGTTGGATTGGTGGATATTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTGATAAATccactaatatctgatcgcc  <  1:410584/251‑19 (MQ=255)                                                                                                                           aaTAAGGTTTTTCCCGATGTGCACGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCGGCTTCAGCTTGGGTTAGTTGGATTGGTGGATATTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAAtc                                     <  1:755770/193‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             gtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGgcgc                                                                        >  1:437355‑M2/68‑140 (MQ=255)                                                                                                                                             gtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCtcttt                                >  1:178073‑M2/68‑180 (MQ=255)                                                                                                                                             gtgcaCGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCGGCTTCAGCTTGGGTTAGTTGGATTGGTGGATATTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTGATAAATccactaatatctgatc     <  1:729910/203‑16 (MQ=255)                                                                                                                                             gtgcaCGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCGGCTTCAGCTTGGGTTAGTTGGATTGGTGGATATTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTGATAAATccactaatatctga       >  1:597917/5‑192 (MQ=255)                                                                                                                                                  cgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtgggtatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTggcgccgttc                                                                   >  1:313664‑M2/63‑136 (MQ=255)                                                                                                                                                  cgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAAtctctttctttgat                         <  1:263522‑M2/120‑4 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                       ggtggatattcttcttTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAAtc                                     <  1:305909/107‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                             |                                                                                                                  AAGGAAAAATCAAAATTAGAAAAAAAGCGGCTAAATTTAAAAATGTGCAATTTAACCACTTAATTTAAGAAATTTAAAGAAAGGCTTTAAAAAGTGTTTAAAAATCGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTGTACGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCCGCCTCTTGTTGGGTTAAATGGATCGGTGG‑‑‑‑GCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAAGCCATCCCAGTTGATTTTAACGCGTTTAACCCATACGCTGGCGCCATTTTGCACTAAGTAAATCTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTAATAAATCTATTAAAGGCTAATGCTG  >  1/1037039‑1037384

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑