| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,009,200 | C→T | intergenic (‑84483/‑105908) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,009,200 | 0 | C | T | 98.3% | 161.3 / ‑5.6 | 58 | intergenic (‑84483/‑105908) | unknown/unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (31/26); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCCGCAGGCAATACGCCGAGATCCGCATTGGCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACCAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGCACAGACGAATTTGTCTGCGG > 1/1008962‑1009442 | tttCCGCAGGCAATACGCCGAGATCCGCATTGGCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCAc < 1:472293/251‑1 (MQ=255) cAGGCAATACGCCGAGATCCGCATTGGCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTa < 1:285671/250‑1 (MQ=255) gCAATACGCCGAGATCCGCATTGGCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAAc < 1:645601/250‑1 (MQ=255) gCATTGGCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCAc > 1:382412/1‑225 (MQ=255) ggCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGa > 1:501391/1‑238 (MQ=255) ggCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACaa > 1:667668/1‑251 (MQ=255) cAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCAc < 1:28178/199‑1 (MQ=255) aaaTAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGAc > 1:707595/1‑250 (MQ=255) tAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAg > 1:427132/1‑251 (MQ=255) aaCCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGa > 1:573409/1‑251 (MQ=255) 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aTTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACAtttt > 1:72910/1‑251 (MQ=255) attattGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAAc > 1:702587/1‑159 (MQ=255) attattGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGa > 1:387628/1‑251 (MQ=255) cGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCg > 1:308589/1‑249 (MQ=255) gTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAGCTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACCAGATTAGAGCACTGGTAAACGAATATATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGATAAAAt < 1:253198/250‑1 (MQ=255) gTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAAt < 1:744408/250‑1 (MQ=255) gtgCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATaa < 1:774731/179‑1 (MQ=255) gCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACAt > 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cttCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGcc < 1:266522/251‑1 (MQ=255) cACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCaaa > 1:659967/1‑251 (MQ=255) aCCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATaa > 1:97803/1‑142 (MQ=255) aTAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTatat > 1:547961/1‑240 (MQ=255) gtCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCaa > 1:517222/1‑251 (MQ=255) gCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCtt > 1:636595/1‑251 (MQ=255) aTGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATAtt < 1:486066/205‑1 (MQ=255) 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aCCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGcac < 1:418173/251‑1 (MQ=255) aCCTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGcac < 1:154172/251‑1 (MQ=255) ccTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGcaca > 1:403644/1‑251 (MQ=255) ccTCTTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGcaca > 1:520572/1‑251 (MQ=255) ctTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATg < 1:641664/201‑1 (MQ=255) ctTAATGATTAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCt > 1:638243/1‑224 (MQ=255) 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tAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGCACAGACGAATTTGTc < 1:136169/251‑1 (MQ=255) tAACAAGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGCACAGACGAATTTGTc < 1:416973/251‑1 (MQ=255) aGATTAACTAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGCACAGACGAATTTGTCTGCgg > 1:272886/1‑251 (MQ=255) | TTTCCGCAGGCAATACGCCGAGATCCGCATTGGCAAACGCCGCCGCTTTTTTCAAATAACCAAAGGCTTCGATAATTTCATGTGGCATAGATGCCGCAGGACCGATTTTAAAATTATTGCGGGAACGTTCGGTTTGTGCAGCCCAATATTTGTCTGCCGGAACTTGAACTTCACCCATAGTGTCTTTTTCAATGCGAAATGCCATTGTGATTACCTCTTAATGATTAACAAGATTAACCAGATTCTAGCACTGGTAAACGAATCTATGAACCGAAATTACAAACAGAAAAACGGTTTTGTGACCTAGATCATAAAGTGCGGTTCGCTTGCAAAACGTTTCGGAAATTAACATTTTCTATTTGAGCTGATTTCCGCTAAAATCTTGCGACTCATTTTTCATATTTAGGGCTTTATATGCCAAAAAATGCGCAATTCTACCTGCTTTCCGATGCCTCTCCCGCACAGACGAATTTGTCTGCGG > 1/1008962‑1009442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |