| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,004,715 | A→G | intergenic (‑79998/‑110393) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,004,715 | 0 | A | G | 89.7% | 122.8 / ‑3.8 | 58 | intergenic (‑79998/‑110393) | unknown/unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/6); new base G (27/25); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTGCAGGATTTTTCATTAAAACGGAACCGTGGGAGGATTTCAGTGAAGCGAAAATCTCGGAGGAATGTAGCTTTTCCGATGGTGCGGCGCATGAAGTTCAGTGATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCAAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAATTTTTCCGCTAAGGTTTTGGCGCGAACGCAATAAGGGCAGCTTAG > 1/1004469‑1004958 | aTTTGCAGGATTTTTCATTAAAACGGAACCGTGGGAGGATTTCAGTGAAGCGAAAATCTCGGAGGAATGTAGCTTTTCCGATGGTGCGGCGCATGAAGTTCAGTGATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAAt < 1:883190/251‑1 (MQ=255) cATTAAAACGGAACCGTGGGAGGATTTCAGTGAAGCGAAAATCTCGGAGGAATGTAGCTTTTCCGATGGTGCGGCGCATGAAGTTCAGTGATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCa > 1:44952/1‑251 (MQ=255) tAAAACGGAACCGTGGGAGGATTTCAGTGAAGCGAAAATCTCGGAGGAATGTAGCTTTTCCGATGGTGCGGCGCATGAAGTTCAGTGATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAAc < 1:676109/251‑1 (MQ=255) aaaaCGGAACCGTGGGAGGATTTCAGTGAAGCGAAAATCTCGGAGGAATGTAGCTTTTCCGATGGTGCGGCGCATGAAGTTCAGTGATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTCTTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCaaa > 1:442474/1‑249 (MQ=255) 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1:233115/1‑250 (MQ=255) gATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGc > 1:702199/1‑234 (MQ=255) gATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCtt > 1:811008/1‑251 (MQ=255) tAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCgg > 1:114235/1‑231 (MQ=255) ttattTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAg < 1:221032/175‑1 (MQ=255) ttattTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAAt < 1:539825/185‑1 (MQ=255) tattTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAAc > 1:860769/1‑159 (MQ=255) tattTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCgat > 1:762230/1‑251 (MQ=255) tttGCCCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAAGGGAACAAATTGCACTTTTTTTTTATCATGCAAAAAAATCTAAATGTTTTTCCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATAAATATCGCAAAACTGTTCGGCCATTAGGGCGTAAAAATCGGTGAAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCgatga < 1:272262/251‑1 (MQ=255) 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ttattGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGc > 1:742713/1‑250 (MQ=255) ttattGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCGAACGGAACAAATTGCATTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTCCCACCGCACTTTTTTATTAAGCAAAATTAATCAATATCGCAAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTAAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGcc < 1:258436/251‑1 (MQ=255) ttattGTTCGGGGTTTGAGAAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATTTTTTTCCCACCGCACTTTTTTATAAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGcc < 1:672060/251‑1 (MQ=255) 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ttGAGAAAATTATTCTAACGGAACAATTTGCACTTTTTTTTTATCATGCAAAAAAATCTAAATTTTTTTTCCCCCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTAAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGt < 1:761746/251‑1 (MQ=255) gAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCg > 1:736224/1‑251 (MQ=255) aaaaTTATTCTAACGAAACAAATTGCATTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTCCCCCCGCTCTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATACCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGTGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATg < 1:372018/250‑1 (MQ=255) 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1:184289/1‑251 (MQ=255) tATCATGCAAAAAAATCTAAATTTTTTTCCCCCCGCACTTTTTTATAAAGCAAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTCCGGCCATAAAGGCCTCAAAATGGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAAt < 1:680381/251‑1 (MQ=255) aagaaacagaaaaaaTCTAAATTTTTTTCCCCCCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAACCTGTCCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAAt < 1:794197/241‑1 (MQ=255) gTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAATTTTTCCGCTAAGGTTTTGgcg > 1:332153/1‑250 (MQ=255) gTTTTTCCCCCCGCCCTTTTTTATTAAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAACCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGcc < 1:247785/174‑1 (MQ=255) atttttttATTAAGCAAAATTAATAAATACCGCCAATCTGTCCGGCCATTAAGGCCTAAAAATCGGTCCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAATTTTTCCGCTAAGGTTTTGGCGCGAACGCAATAAggg < 1:762908/249‑1 (MQ=255) attaAGCGAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAATTTTTCCGCTAAGGTTTTGGCGCGAACGCAATAAGGGCAGCTTAg > 1:277655/1‑251 (MQ=255) | ATTTGCAGGATTTTTCATTAAAACGGAACCGTGGGAGGATTTCAGTGAAGCGAAAATCTCGGAGGAATGTAGCTTTTCCGATGGTGCGGCGCATGAAGTTCAGTGATAATTATTTGACCCGCGCGTTTGGTGGCGGAAAATTATTGTTCGGGGTTTGAGCAAATTATTCTAACGGAACAAATTGCACTATTTTTTTATCATGCAGAAAAATCTAAATGTTTTTTCCACCGCACTTTTTTATTAAGCAAAATTAATCAATATCGCCAAACTGTTCGGCCATTAAGGCCTCAAAATCGGTGCAACCGCCGATCGGCTTGTCACCAATCAGAACCTGCGGCACGGTTTGCACCGGCTTGCCGATGATGTTGGCGATGTCTTCTTTGCTCATGCCTTGCTCGATGATGTCGATGTAACGATAATCAAAATTTTCCACAGTATTTTTTAATTTTTCCGCTAAGGTTTTGGCGCGAACGCAATAAGGGCAGCTTAG > 1/1004469‑1004958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |