| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 984,118 | T→G | intergenic (‑59401/‑130990) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 984,118 | 0 | T | G | 98.8% | 234.9 / NA | 85 | intergenic (‑59401/‑130990) | unknown/unknown | tRNA‑Gly‑GCC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (37/47); minor base C (1/0); total (38/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TTGTGGCGTGGCGCAATACACCGCCGAAATGATTGCCAATGCGAAAGCACTCAATCCACAGGCTATTGTGGCGTGTACCCGTAAAAGTATTCCGAATACGCGTAAATTGGCAACTGCTGCGGTGCTTGCCGCCGGCGGGCATATTCATCGCCAGGGACTAAGCGAAACCTTACTTGTGTTTACCAACCATCGCAATTTGCTGGATAACCCCACTGATTATCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACTGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTT > 1/983873‑984363 | ttGTGGCGTGGCGCAATACACCGCCGAAATGATTGCCAATGCGAAAGCACTCAATCCACAGGCTATTGTGGCGTGTACCCGTAAAAGTATTCCGAATACGCGTAAATTGGCAACTGCTGCGGTGCTTGCCGCCGGCGGGCATATTCATCGCCAGGGACTAAGCGAAACCTTACTTGTGTTTACCAACCATCGCAATTTGCTGGATAACCCCACTGATTATCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAg < 1:287916/251‑1 (MQ=255) tgtgGCGTGGCGCAATACACCGCCGAAATGATTGCCAATGCGAAAGCACTCAATCCACAGGCTATTGTGGCGTGTACCCGTAAAAGTATTCCGAATACGCGTAAATTGGCAACTGCTGCGGTGCTTGCCGCCGGCGGGCATATTCATCGCCAGGGACTAAGCGAAACCTTACTTGTGTTTACCAACCATCGCAATTTGCTGGATAACCCCACTGATTATCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAGc < 1:498096/251‑1 (MQ=255) gcgcAATACACCGCCGAAATGATTGCCAATGCGAAAGCACTCAATCCACAGGCTATTGTGGCGTGTACCCGTAAAAGTATTCCGAATACGCGTAAATTGGCAACTGCTGCGGTGCTTGCCGCCGGCGGGCATATTCATCGCCAGGGACTAAACGAAACCTTACTTGTGGTTACCAACCATCGCCATTTTCTGGGTAAACCCACTGATTATCAAGCAATCGGTTTCCAATTTAGACGGGAAGCT‑CCGGgaaa > 1:699408/1‑251 (MQ=255) aTACACCGCCGAAATGATTGCCAATGCGAAAGCACTCAATCCACAGGCTATTGTGGCGTGTACCCGTAAAAGTATTCCGAATACGCGTAAATTGGCAACTGCTGCGGTGCTTGCCGCCGGCGGGCATATTCATCGCCCGGGACTAAGCGGAACCTTACTTGTGTTTACCAACCATCGCCATTTTCTGGATAACCCCCCTGATTTTCAAGCAATTGTTTTCCAATTTAGACGGGaaacccccggaaaaaaaa > 1:761439/1‑235 (MQ=255) 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tGGATAACCCCACTGATTATCAAGCGATCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTAt < 1:578086/251‑1 (MQ=255) ggATAACCCCACTGATTATCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGt < 1:748369/213‑1 (MQ=255) ggATAACCCCACTGATTATCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATg > 1:282854/1‑251 (MQ=255) 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1:218251/235‑1 (MQ=255) tCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATCCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAatt < 1:162201/251‑1 (MQ=255) aTCGTTTCCCAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTc < 1:326221/106‑1 (MQ=255) tttCCCAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCC‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTTCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTatcatc < 1:348121/251‑1 (MQ=255) cccAATTGAGACGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTcc < 1:888758/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agaCGGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCtt < 1:28469/250‑1 (MQ=255) | TTGTGGCGTGGCGCAATACACCGCCGAAATGATTGCCAATGCGAAAGCACTCAATCCACAGGCTATTGTGGCGTGTACCCGTAAAAGTATTCCGAATACGCGTAAATTGGCAACTGCTGCGGTGCTTGCCGCCGGCGGGCATATTCATCGCCAGGGACTAAGCGAAACCTTACTTGTGTTTACCAACCATCGCAATTTGCTGGATAACCCCACTGATTATCAAGCAATCGTTTCCCAATTGAGACTGGAAGCT‑CCGGAAAATAAAATCA‑CCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTT > 1/983873‑984363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |