| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 870,115 | 0 | T | . | 60.5% | 16.3 / 146.5 | 86 | intergenic (‑12/+41) | unknown/unknown | tRNA‑Lys‑TTT/tRNA‑Leu‑TAA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/14); new base . (24/28); total (44/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCATTAGTGCTTTTGGCAGAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGATTTTAAATCCCTTGTGTCTACCGATTCCACCACTCGGGCTTGGAGCGGGAAACGAGGCTCGAACTCGCGACCCCGACCTTGGCAAGGTCGTGCTCTACCAACTGAGCTATTCCCGCATCACTATTTGGTAGCACCAAATAAC > 1/869869‑870345 | ctgcaTTCGTACTTTTAGCAGAACCACCTTTGGTACAGGCAATCGTAACAATGTAAGGTTTTTTATAAGTGTGGTTAACGCTCATATTTTACTCGCTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTCTGGGTAATTGGTCTATGAACTTTAACTTTTCTTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCAttttt < 1:615392/248‑1 (MQ=21) 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1:542593/1‑251 (MQ=37) tatTTTACTCGCTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTCTGGGTAATTGGTCTATGAACTTTAACTTTTCTTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTT‑‑TTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAggg > 1:789557/1‑251 (MQ=37) tatTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGa > 1:2993/1‑251 (MQ=255) atTTTACTCGCTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTCTGGGTAATTGGTCTATGAACTTTAACTTTTCTTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTT‑‑TTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGa < 1:171445/251‑1 (MQ=37) 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1:613429/1‑251 (MQ=37) aCGTTAAGGAGTATCGACTCTGGGTAATTGGTCTATGAACTTTAACTTTTCTTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTT‑‑TTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGATTTTAAATCCCTTGTGTCTACCGAt > 1:155415/1‑251 (MQ=37) cGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGATTTTAAATCCCTtgtgcacacgattag > 1:66560/1‑240 (MQ=255) aaGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGATTTTAAATCCCTtgtgcacacgattagtgaa > 1:879011/1‑236 (MQ=255) 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> 1/869869‑870345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |