| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 326,937 | 4 | . | T | 66.7% | 25.8 / 12.9 | 15 | intergenic (‑42308/‑36390) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base T (4/6); total (7/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAATTAAGTTCAGCATATAACGCATGGCTTTCACCGCCGCATCATCCGCTGCATTTTTATCCCCGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAACAAGATTAAACAAGCTGTCGAAACCATTCAGTTGCTTCAATTGGAAGTGGATGAATTAAGA > 1/326698‑327116 | gAATTAAGTTCAGCATATAACGCATGGCTTTCACCGCCGCATCATCCGCTGCATTTTTATCCCCGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAtt > 1:241755/1‑244 (MQ=255) aaTTAAGTCCAGCATATACCGCATGGCTTTCACCGCCGCATCATCCGCTGCATTTTTATCCCCGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAttagcagat < 1:736801/251‑9 (MQ=255) aTTAAGTTCAGCATATAACGCATGGCTTTCACCGCCGCATCATCCGCTGCATTTTTATCCCCGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAttagcagata > 1:887733/1‑242 (MQ=255) gCATATAACGCATGGCTTTCACCGCCGCATCATCCGCTGCATTTTTATCCCCGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAttagcagataatgcgattc > 1:71645/1‑232 (MQ=255) ccGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATc < 1:877230/251‑1 (MQ=255) cgcCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAtt < 1:740075/180‑2 (MQ=255) cTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACtt > 1:214495/1‑238 (MQ=255) tCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAAc < 1:46596/251‑1 (MQ=255) tctGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAACAAGATTAAACAAGc < 1:744931/251‑1 (MQ=255) gTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATc < 1:372883/177‑1 (MQ=255) aTGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAACAAGATTAAACAAGCTGTCGAAAc > 1:562976/1‑250 (MQ=255) aaaTAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACtt < 1:356858/169‑1 (MQ=255) gTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTagag > 1:42195/1‑153 (MQ=255) gTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAACAAGATTAAACAAGCTGTCGAAACCATTCAg < 1:161273/226‑1 (MQ=255) ttttAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAATTAATTAGCAGATAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAACAAGATTAAACAAGCTGTCGAAACCATTCAGTTGCTTCAATTGGAAGTGGATGAATTAaga > 1:818324/1‑251 (MQ=255) | GAATTAAGTTCAGCATATAACGCATGGCTTTCACCGCCGCATCATCCGCTGCATTTTTATCCCCGCGCCCCAACCAGGCAAAACCGGCTAACGCGGCAACTTCCGTAACTCTTGAAAATTCAATGGCTAATGCTCTGTTCATAATGTATCCCTTAAAATAAAAATGTGAAATAGGTCCATTTTAGCACTAAGCAAACGATTGCATACTAAAATTTAAGAGAAAATTTTAATTAAAAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATGCGATTCTTTGCTTTAAAAAAGACGATTAAGTAAGGTAAAATATGGCTACTTTACATCCATTTGTTTTAGAGGAAATTACTTATGTCACTAGAAATTCTAGACCAGTTAGAAAACAAGATTAAACAAGCTGTCGAAACCATTCAGTTGCTTCAATTGGAAGTGGATGAATTAAGA > 1/326698‑327116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |