| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 519,706 | +TG | intergenic (+156289/‑52313) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 519,703 | 1 | . | G | 97.1% | 282.0 / 3.9 | 102 | intergenic (+156286/‑52316) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (64/35); total (65/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
| * | 1 | 519,703 | 2 | . | T | 97.1% | 288.2 / 2.4 | 102 | intergenic (+156286/‑52316) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base T (64/35); total (65/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GGGATAATAACAAAATGGCTAAGGAGTTATTTTCTACTTTGAAAAAGCTTTTAATTAAATAATCGTGTAGATGGAACTTATCCTCCCTTGCTGACGCGCGCCGGTATGAATAAAAACGTTTAAAAAAATGACCGCACTTTTATTCGATATGCAAATGGTAAATCAGAGAAAATAACATGAAAACATTAGGTATTTTAGGTGGGATGAGTCCCGAAAGCACGGTTTCCTATTATTTAATCATTAACCGTGCG‑‑GTGAATCAGGCGTTGGGTGGCAATGCAAGTGCGCCGTTATTGATGTCGAGCGTCAATTTTGAAGAGATTGTGCAATGCCAAAAATCAGGAAATTGGGCTAAAGCAGGTGAAATTTTGGCAGAGCAGGCGCGTTTGCTGGAAAGTATTGGGGCGGAAGGTATTTTAATTGGTGCCAATACCATGCACAAAGTCGCGGATGCCGTCCAAAATGTCATTTCTGTGCCGTTGTTACATA > 1/519453‑519938 || gggATAATAACAAAATGGCTAAGGAGTTATTTTCTACTTTGAAAAAGCTTTTAATTAAATAATCGTGTAGATGGAACTTATCCTCCCTTGCTGACGCGCGCCGGTATGAATAAAAACGTTTAAAAAAATGACCGCACTTTTATTCGATATGCAAATGGTAAATCAGAGAAAATAACATGAAAACATTAGGTATTTTAGGTGGGATGAGTCCCGAAAGCACGGTTTCCTATTATTTAATCATTAACCGTGCg > 1:558360/1‑251 (MQ=255) 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GGGATAATAACAAAATGGCTAAGGAGTTATTTTCTACTTTGAAAAAGCTTTTAATTAAATAATCGTGTAGATGGAACTTATCCTCCCTTGCTGACGCGCGCCGGTATGAATAAAAACGTTTAAAAAAATGACCGCACTTTTATTCGATATGCAAATGGTAAATCAGAGAAAATAACATGAAAACATTAGGTATTTTAGGTGGGATGAGTCCCGAAAGCACGGTTTCCTATTATTTAATCATTAACCGTGCG‑‑GTGAATCAGGCGTTGGGTGGCAATGCAAGTGCGCCGTTATTGATGTCGAGCGTCAATTTTGAAGAGATTGTGCAATGCCAAAAATCAGGAAATTGGGCTAAAGCAGGTGAAATTTTGGCAGAGCAGGCGCGTTTGCTGGAAAGTATTGGGGCGGAAGGTATTTTAATTGGTGCCAATACCATGCACAAAGTCGCGGATGCCGTCCAAAATGTCATTTCTGTGCCGTTGTTACATA > 1/519453‑519938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |