| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 301,037 | (A)9→10 | intergenic (‑16408/‑62290) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 301,028 | 1 | . | A | 96.0% | 348.2 / 7.0 | 124 | intergenic (‑16399/‑62299) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base A (53/66); total (55/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AATCGAAACGGTGGCGGCGCTAGACAAACCGTTAGACGAATTACAAAAAGTGAGTGAAAAAGATTTATTGGGAATCTATCGCGACAGTCTGAAAACCATGGGCTTGCCAATGTTTAATAGCGGAGCACTACAAGATTAATTCTGTAATGCAAATTGGGTCGCATCCCGAGCCAAAGTGCGGTTGAAAAACGCTGTGAATTTTCACCGCACTTTTTATGTCCGGCATTTCCCT‑‑AAAA‑AAAAAGAGCAACACAGCCAAGCTATGTTGCTCTTTTCTATTCAAATCAATGGATTATTTTTTCTTCGTCGGTCTTTCCCAGCCTTGGACGTGTTTTTGCGGAACGCGGGTGGTGACCAGTTCGTCGCGTTTGACGTCGTAGCGGATGGTGGAGCCTGCGCCGATGGTAGCGCCGCTTTCGATGGTGACCGGGGCGACGAGTTGGCTGTCGGAGCCGACAAACACGTTGTCACCGAT > 1/300797‑301268 | aaTCGAAACGGTGGCGGCGCTAGACAAACCGTTAGACGAATTACAAAAAGTGAGTGAAAAAGATTTATTGGGAATCTATCGCGACAGCCTGAAAACCATGGGCTTGCCAATGTTTAATAGCGGAGCACTACAAGATTAATTCTGTAATGCAAATTGGGTCACATCCCGAGCCAAAGTGCGGTTGAAAAACGCTGTGAATTTTCACCGCACTTTTTATGTCCGGCATTTCCCTA‑AAAA‑AAAAAGAGCAacac < 1:194534/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |