| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 488,523 | (C)5→4 | intergenic (+125106/‑83496) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 488,519 | 0 | C | . | 100.0% | 159.6 / NA | 39 | intergenic (+125102/‑83500) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (19/20); total (19/20) | |||||||||||
ATTTTAGAGCATTTGGAAGAAATCCCACACGAAGGCACAGTCTGTGAACTTAATGGCTTGCAGGTTACCGTGTTGGAAGTGAGTGAGAATATGATTAAGCGGGCGAAGGTTATTAAATTATAAGAATTTGTGTTTACGTAATCAGAAACGATCAAGTGTTTTTATCGCTTTTTTTAAAAAAAGAAGCGCAGATTTTTTTACAATAAATGAGATTGATTATCAGTTATGGAAGGGGTATGATCTGCCCCCTCTTTCTACTATTTATTTAAACAGATCACATTTAAAAAGGAAAAGCAAATGCCACAAATTTTTGAATTCTTACAAAATTATAGTGACTACATTATTATCGGTTTATTACTGTTTATGAGCGTATTAATGCTCACCATGGTCATCGAACGTTTCTTCTTTTTATCCCGTGTTAAAGTGAGTCAATATTCCACCATTTATGCACTTGAAATTGATTTAAACCGTAACCTCAC > 1/488275‑488753 | aTTTTAGAGCATTTGGAAGAAATCCCACACGAAGGCACAGTCTGTGAACTTAATGGCTTGCAGGTTACCGTGTTGGAAGTGAGTGAGAATATGATTAAGCGGGCGAAGGTTATTAAATTATAAGAATTTGTGTTTACGTAATCAGAAACGATCAAGTGTTTTTATCGCTTTTTTTAAAAAAAGAAGCGCAGATTTTTTTACAATAAATGAGATTGATTATCAGTTATGGAAGGGGTATGATCTGcccct > 1:344677/1‑248 (MQ=255) 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ATTTTAGAGCATTTGGAAGAAATCCCACACGAAGGCACAGTCTGTGAACTTAATGGCTTGCAGGTTACCGTGTTGGAAGTGAGTGAGAATATGATTAAGCGGGCGAAGGTTATTAAATTATAAGAATTTGTGTTTACGTAATCAGAAACGATCAAGTGTTTTTATCGCTTTTTTTAAAAAAAGAAGCGCAGATTTTTTTACAATAAATGAGATTGATTATCAGTTATGGAAGGGGTATGATCTGCCCCCTCTTTCTACTATTTATTTAAACAGATCACATTTAAAAAGGAAAAGCAAATGCCACAAATTTTTGAATTCTTACAAAATTATAGTGACTACATTATTATCGGTTTATTACTGTTTATGAGCGTATTAATGCTCACCATGGTCATCGAACGTTTCTTCTTTTTATCCCGTGTTAAAGTGAGTCAATATTCCACCATTTATGCACTTGAAATTGATTTAAACCGTAACCTCAC > 1/488275‑488753 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |