| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,076,609 | Δ1 bp | intergenic (‑176866/–) | unknown ← / – | tRNA‑Met‑CAT/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,076,609 | 0 | C | . | 97.3% | 449.9 / 3.3 | 113 | intergenic (‑176866/–) | unknown/– | tRNA‑Met‑CAT/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (61/47); minor base A (0/3); total (61/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CACCGGAAGGGAAACATTTTGCTTCACCGCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTGCAAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAATATCGATAATCTGAGCGCCGTATTCCACATTCACTTGAGCGGCTTGCGCCATTCCATCAGGATCGGAACCCGCGATTTGTACGGCATTAATCCCTGCTTCTTGGTGATGCGCCAAGCGCAGTTTCGATTTCTCGGTATACCATACCTGTGGATTGGTTGACATCATTTCGGAGAA > 1/2076363‑2076842 | cACCGGAAGGGAAACATTTTGCTTCACCGCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAg > 1:520707/1‑251 (MQ=255) ccGGAAGGGAAACATTTTGCTTCACCGCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAggg > 1:822378/1‑251 (MQ=255) gAAGGGAAACATTTTGCTTCACCGCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCgg > 1:188469/1‑251 (MQ=255) aCATTTTGCTTCACCGCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGc > 1:655554/1‑250 (MQ=255) ctccACCGTTTTAATGGAAGCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACAATGCACGGTGAGCGCTGGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATACCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTAAAGAATCCGTCGAACCAGGTCAGGATATT‑AAAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTAc < 1:682726/247‑1 (MQ=255) gCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGc > 1:18542/1‑226 (MQ=255) gCTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCAc > 1:707650/1‑250 (MQ=255) cTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAAc > 1:175467/1‑230 (MQ=255) cTTTAATGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCAc > 1:395548/1‑249 (MQ=255) aTGGAATCGTATTCCGCCACACCTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCtttttt > 1:332299/1‑251 (MQ=255) 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ccTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGccc < 1:556931/242‑1 (MQ=255) cttaaaaTTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGTTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTGGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCTAACCGGGGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAatat < 1:542789/247‑1 (MQ=255) cTTCAAATTTACAGGCGCGCGTGCGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACATTTTCGATTTTCCATATCCCACCCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGAACCCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAGGCCAGGATATT‑AAAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAatat < 1:567699/251‑1 (MQ=255) cTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTCCCGGAACCTTAACTGCTTTCCCCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAatat < 1:474666/251‑1 (MQ=255) cTTCAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAACCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAatat < 1:880025/251‑1 (MQ=255) cAAATTTACAGGCGCGCGTACGACCATGCACGGTGAGCGCTTGAATTCCGCTTTGTTCTGCGATTTTGGCGATTTCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAAAATCCGTCAAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAatat < 1:386972/248‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCACCCTGTGCGAATCTTCAAGGTTCCCGGACCCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCTTCGACCCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAATATCGATAATCTGAGCGCCGTATTCCACAt < 1:550250/203‑1 (MQ=255) tttCTACACAATTTCGATTTTCCATATCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATAtt > 1:259281/1‑171 (MQ=255) tttCTACACAATTTCGATTTTCCATACCCCAACCTGTGCGAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTAAAGAATCCGTCGACCAAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAatat < 1:718599/176‑1 (MQ=255) tCGATTTTCCATACCCCAACCTGTGCAAATCTTCAAGGTTACCGGAACCTTAACTGCTTTCACCACAGCCTCAAGAATCCGTCGAACCAAGTCAGGATATTG‑AAAAGGGCGGAACCCGCCATTTTACGATTCACCTTTTTTGCTGGACAGCCCATATTAATATCGATAATCTGAGCGCCGTATTCCACATTCACTTGAGCGGCTTGCGCCATTCCATCAGGATCGGAACCCGCGATTTGTACGGCATTAAt < 1:461483/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |