| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 296,535 | (A)7→6 | intergenic (‑11906/‑66792) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 296,529 | 0 | A | . | 99.3% | 564.7 / ‑3.5 | 135 | intergenic (‑11900/‑66798) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (67/67); total (68/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCATGTCACTTTCTGATTTATTAACACGATCGACATCCCATGCGCTATTAAGATCCCGAGAGATGGCTCATCTGCTTACCATTTAAGGATATGATATTTATCAGCATAAAGTACGGCAGGTTTACTATCTTTCATTTAACGCTATATTTTGCTATCATTAGCGCAATTTGGGGCTGATTCTGGATTCGACGGGATTAGCGAAGCCCGAAGTGCACGTCGAGGTGCGGTAGGCCTCGTAAATAAACCGCAAAAAAATAGTCGCAAACGACGAACAATACGCTTTAGCAGCTTAATAACCTGCCTTTAGCCTTCGCTCCCCAGCTTCCGCTCGTAAGACGGGGATAAAGCGGAGTCAAACCAAAACGAGCTCGTGTGGAAGCCACCGTTTGAGGATCGAAGCATTAAATTAAATCAAACTAGCTTAATTGTCGCGTGTCCGTCCGCAGGATTAAGTGAATTTAAAGACCGGACTAAACGTGTAGTGCTAACGG > 1/296281‑296771 | ccATGTCACTTTCTGATTTATTAACACGATCGACATCCCATGCGCTATTAAGATCCCGAGAGATGGCTCATCTGCTTACCATTTAAGGATATGATATTTATCAGCATAAAGTACGGCAGGTTTACTATCTTTCATTTAACGCTATATTTTGCTATCATTAGCGCAATTTGGGGCTGATTCTGGATTCGACGGGATTAGCGAAGCCCGAAGTGCACGTCGAGGTGCGGGAGGCCTCGTAAATAAACCGCaaa > 1:535425‑M2/3‑251 (MQ=255) aTGTCACTTTCTGATTTATTAACACGATCGACATCCCATGCGCTATTAAGATCCCGAGAGATGGCTCATCTGCTTACCATTTAAGGATATGATATTTATCAGCATAAAGTACGGCAGGTTTACTATCTTTCATTTAACGCTATATTTTGCTATCATTAGCGCAATTTGGGGCTGATTCTGGATTCGACGGGATTAGCGAAGCCCGAAGTGCACGTCGAGGTGCGGTAGGCCTCGTAAATAAACCGCaaaaa > 1:648035/1‑251 (MQ=255) ttattaACACGATCGACATCCCATGCGCTATTAAGATCCCGAGAGATGGCTCATCTGCTTACCATTTAAGGATATGATATTTATCAGCATAAAGTACGGCAGGTTTACTATCTTTCATTTAACGCTATATTTTGCTATCATTAGCGCAATTTGGGGCTGATTCTGGATTCGACGGGATTAGCGAAGCCCGAAGTGCACGTCGAGGTGCGGTAGGCCTCGTAAATAAACCGC‑AAAAAATAGTCGCAAacga > 1:477159/1‑250 (MQ=255) aaCACGATCGACATCCCATGCGCTATTAAGATCCCGAGAGATGGCTCATCTGCTTACCATTTAAGGATATGATATTTATCAGCATAAAGTACGGCAGGTTTACTATCTTTCATTTAACGCTATATTTTGCTATCATTAGCGCAATTTGGGGCTGATTCTGGATTCGACGGGATTAGCGAAGCCCGAAGTGCACGTCGAGGTGCGGTAGGCCTCGTAAATAAACCGC‑AAAAAATAGTCGCAAACGACGAACa < 1:18947/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |