| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 641,884 | 3 bp→GTC | coding (104‑106/180 nt) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 641,884 | 0 | C | G | 100.0% | 217.3 / NA | 75 | P35R (CCG→CGT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (43/32); total (43/32) | |||||||||||
| * | 1 | 641,885 | 0 | G | T | 100.0% | 219.5 / NA | 75 | P35R (CCG→CGT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (43/32); total (43/32) | |||||||||||
| * | 1 | 641,886 | 0 | A | C | 100.0% | 222.6 / NA | 75 | T36P (ACA→CCA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (43/32); total (43/32) | |||||||||||
AAGATTATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCCGACAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACGGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAAGAGAGAAAAGTATGATT > 1/641661‑642122 ||| aaGATTATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAg < 1:115961/250‑1 (MQ=255)aaGATTATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGa > 1:696417/1‑251 (MQ=255) aTTATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAg < 1:362577/250‑1 (MQ=255) aTTATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGt > 1:10400/1‑251 (MQ=255) ttATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGtt > 1:384907/1‑251 (MQ=255) ttATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGtt < 1:796956/251‑1 (MQ=255) aaTTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTTCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAgggg > 1:578038/1‑250 (MQ=255) aTCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAatat < 1:148216/250‑1 (MQ=255) aTGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagca < 1:632852/251‑1 (MQ=255) aTGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagca > 1:770459/1‑251 (MQ=255) aTGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagca > 1:770674/1‑251 (MQ=255) tCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagcaag > 1:780593/1‑249 (MQ=255) gtgtTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAgctg > 1:333226/1‑250 (MQ=255) tgtTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTATATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTCTCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAgctg > 1:428796/1‑249 (MQ=255) tgtTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGAc > 1:383203/1‑214 (MQ=255) tgtTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAgctg > 1:638552/1‑249 (MQ=255) tgtTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTAGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagca < 1:181/244‑1 (MQ=255) gtgATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTa > 1:265576/1‑251 (MQ=255) tgATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTAt < 1:827477/251‑1 (MQ=255) gATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGa < 1:213119/208‑1 (MQ=255) ttgttgCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCAt < 1:408190/233‑1 (MQ=255) ttgttgCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACtt > 1:816394/1‑251 (MQ=255) gCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagca > 1:762581/1‑214 (MQ=255) gCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGga > 1:478769/1‑251 (MQ=255) gCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGga > 1:857885/1‑251 (MQ=255) aaaaTGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGaaaa < 1:482284/251‑1 (MQ=255) aaGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCt < 1:334025/214‑1 (MQ=255) aCGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAg < 1:65091/251‑1 (MQ=255) cTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTa > 1:474549/1‑251 (MQ=255) cTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTa > 1:30889/1‑251 (MQ=255) tAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAAt < 1:875560/251‑1 (MQ=255) ggACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGt > 1:853341/1‑188 (MQ=255) gACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagca > 1:202573/1‑164 (MQ=255) gACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTGAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATa > 1:782788/1‑251 (MQ=255) aCTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATgggg < 1:458614/185‑1 (MQ=255) gatgaGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAg > 1:727619/1‑251 (MQ=255) gTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGa < 1:534168/136‑1 (MQ=255) gTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAg < 1:118082/223‑1 (MQ=255) gTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAAtt > 1:122396/1‑233 (MQ=255) gTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCta > 1:173208/1‑251 (MQ=255) cTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTc < 1:797157/249‑1 (MQ=255) cTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTc < 1:199934/249‑1 (MQ=255) tttAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTG‑AAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAAtt < 1:553009/251‑1 (MQ=255) tGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACa > 1:575260/1‑92 (MQ=255) tGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCgaga > 1:482751/1‑251 (MQ=255) gCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCgaga > 1:690398/1‑250 (MQ=255) aTGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTg < 1:731606/251‑1 (MQ=255) gATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTa > 1:332318/1‑244 (MQ=255) atatTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaagc < 1:447205/102‑1 (MQ=255) aGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTtcaatcaa > 1:396576/1‑251 (MQ=255) aTTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGTTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTg < 1:420405/191‑1 (MQ=255) ttCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTAttt > 1:881615/1‑236 (MQ=255) ttCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTAttt < 1:657110/236‑1 (MQ=255) ttCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCaataat < 1:739668/251‑1 (MQ=255) ttCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCaataat > 1:688704/1‑251 (MQ=255) tctcTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTAt > 1:483863/1‑233 (MQ=255) ctctATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGc > 1:693271/1‑229 (MQ=255) aTCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCtatta > 1:873523/1‑190 (MQ=255) gTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTg > 1:677210/1‑176 (MQ=255) gTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTAttt < 1:423507/222‑1 (MQ=255) gTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTAt < 1:372212/220‑1 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAg < 1:503935/52‑1 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAg < 1:406440/138‑1 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAg > 1:269414/1‑138 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGc > 1:49829/1‑187 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGc < 1:858741/199‑1 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTAttt < 1:543301/209‑1 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTtc > 1:540642/1‑214 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCaataat < 1:55116/224‑1 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAag > 1:513866/1‑237 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAAGAGAGAAAAGTATGa > 1:537347/1‑251 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAAGAGAGAAAAGTATGa > 1:178467/1‑251 (MQ=255) tatttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAAGAGAGAAAAGTATGa > 1:118506/1‑251 (MQ=255) atttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATaa < 1:732522/62‑1 (MQ=255) tttatACTATGCGTCCAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACAGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAAGAGAGAAAAGTATGAtt > 1:326222/1‑251 (MQ=255) ||| AAGATTATCAGGTAAATTGGATCAATGTTCGTGTTAGAGGTGTGATTATTCTTGCCTTGTTGCATTATGCAAAATGTAAGTTAAATTTGAATTTGGACGAACTTTTAAAAGGACTAAATGATGAGTAGAGAGCTTTTAACAATTTCAATGGCAATGCTTAAACCTCGAAATGATATTGAGCATTCTCTATCTTATGGTTCCGAACCAGTTATTTATACTATGCCGACAATTTGGACGGCTATGACAATAGAAGTTTATGAGGGGCAATATAAGCAAGCTGCTGTTGCATCTATGGGGTAGGCGACTTGTGGAGATTGAAAAAACGGCGACAGGCACGGCTAAAAAAGTGGTAAAATTTGATAACTATGAGTGCTATTATTCAAATTCGGCGGTTGCATTGCGAGACGCTCTGCTATTTTGTTCAATCAATAATTTTTGATATAAAGAGAGAAAAGTATGATT > 1/641661‑642122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |