| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 953,254 | G→A | P45S (CCA→TCA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 953,254 | 0 | G | A | 100.0% | 142.1 / NA | 48 | P45S (CCA→TCA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/27); total (21/27) | |||||||||||
AGAGATTTGTTTTTCGGTTAAGGAAATAATGACTTCATTTGGCAACATTGACGATTGCAACAATGCTATGGCGATGTTGGCAAAGAAATAGAGTGCCGACAATATAATGACACTTTGTTTTTCATTTTGTATGAAATGGAAGCTATCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGGGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTTAATAAACACATTTTTATTAGGGATAAACGTTATAATAATTTTTAGGAGTTCATTATGCAAAAGCACAAAATTATCTTAGGT > 1/953024‑953498 | agagaTTTGTTTTTCGGTTAAGGAAATAATGACTTCATTTGGCAACATTGACGATTGTAACAATGCTATGGCGATGTTGGCAAAGAAATAGAGTGCCGACAATATAATGACACTTTGTTTTTCATTTTGTATGAAATGGAAGCTATCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACt > 1:417093/1‑250 (MQ=255) 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ttAAGGAAATAATGACTTCATTTGGCAACATTGACGATTGTAACAATGCTATGGCGATGTTGGCAAAGAAATAGAGTGCCGACAATATAATGACACTTTGTTTTTCATTTTGTATGAAATGGAAGCTATCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAacac < 1:560458/250‑1 (MQ=255) tttGGCAACATTGACGATTGTAACAATGCTATGGCGATGTTGGCAAAGAAATAGAGTGCCGACAATATAATGACACTTTGTTTTTCATTTTGTATGAAATGGAAGCTATCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGgat < 1:559307/251‑1 (MQ=255) cAACATTGACGATTGTAACAATGCTATGGCGATGTTGGCAAAGAAATAGAGTGCCGACAATATAATGACACTTTGTTTTTCATTTTGTATGAAATGGAAGCTATCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGt < 1:130349/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCa > 1:166531/1‑218 (MQ=255) cTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTtaat < 1:865550/251‑1 (MQ=255) aTTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATcac < 1:12426/200‑1 (MQ=255) ttGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACata < 1:578356/187‑1 (MQ=255) 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ataCTGTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTTAATAAACACATTTTTATTAGGGATAAACGTTATAATAATTTTTAGGAGTTCATTATGCAAAAGCACAAAATTa > 1:387161/1‑251 (MQ=255) gTCCTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTTAATAAACACATTTTTATTAGGGATAAACGTTATAATAATTTTTAGGAGTTCATTATGc < 1:321457/231‑1 (MQ=255) ccTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTTAATAAACACATTTttat > 1:220976/1‑188 (MQ=255) cTTTTGAGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTTAATAAACACATTTTTATTAGGGATAAACGTTATAATAATTTTTAGGAGTTCATTATGCAAAAGCACAAAATTATCTTAGGt < 1:342229/251‑1 (MQ=255) | AGAGATTTGTTTTTCGGTTAAGGAAATAATGACTTCATTTGGCAACATTGACGATTGCAACAATGCTATGGCGATGTTGGCAAAGAAATAGAGTGCCGACAATATAATGACACTTTGTTTTTCATTTTGTATGAAATGGAAGCTATCTTTAATGATTTGGGTAAAGTTAATTGGCATTTCATCTACTCAATTTGATGTGAAATAAAGTGCTTAATTATACTGTCCTTTTGGGATAAAAACATAAAAAACTCCATTTTGATTTAACACAATGTTTTCCTCACGCAGGATGATGTAAAAATGATGTAGATTCTCTAAATTATTTTCTCTAATTTCCAAAAATTTGATTGAGATCACATATTGCATTACTCATAAAGTGGTATATTTCACCGCGCTTAATAAACACATTTTTATTAGGGATAAACGTTATAATAATTTTTAGGAGTTCATTATGCAAAAGCACAAAATTATCTTAGGT > 1/953024‑953498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |