| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 892,304 | A→G | V1136V (GTA→GTG) | unknown → | Transcription‑repair coupling factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 892,304 | 0 | A | G | 98.8% | 236.9 / NA | 82 | V1136V (GTA→GTG) | unknown | Transcription‑repair coupling factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (36/45); total (37/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTCGGTGCGCTTCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTACGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAGGAGAACCAGATGTATTTCGATCAAATCAAAGCCGAGCTTACCGAAGCGGCGGACGTATTAAACAAATTTTTATCTGATGACAACAACATTAAATTGATTCAAC > 1/892061‑892550 | cTTCGGTGCGCTTCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTa < 1:760334/250‑1 (MQ=255) tCGGTGCGCTTCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGaa < 1:856476/251‑1 (MQ=255) gcTTCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTgtgg > 1:615189/1‑251 (MQ=255) cTTCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGCCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTgtggt > 1:723674/1‑251 (MQ=255) tCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGtggtgg < 1:374895/251‑1 (MQ=255) caAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGAttt < 1:472410/251‑1 (MQ=255) aGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAg > 1:538550/1‑251 (MQ=255) ccACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAg < 1:541456/249‑1 (MQ=255) ccACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTg < 1:901239/251‑1 (MQ=255) ccACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTg < 1:870280/251‑1 (MQ=255) 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aCGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTAtt > 1:406586/1‑251 (MQ=255) aCGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTACGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTAtt > 1:445636/1‑251 (MQ=255) ttATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGAt > 1:344415/1‑205 (MQ=255) ttATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAg < 1:731067/251‑1 (MQ=255) ttATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAg < 1:857911/251‑1 (MQ=255) aTTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTg < 1:851078/192‑1 (MQ=255) 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cacaAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAgg > 1:180867/1‑186 (MQ=255) cacaAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAgg > 1:188586/1‑186 (MQ=255) cacaAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAGGAGAACCAGATGTATTTCGATCAAATCAAAGCCGAGCTTACCGAAGCGGCGGACGTATTAAACaaa > 1:811989/1‑251 (MQ=255) aGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAGGAGAACCAGATg < 1:289279/182‑1 (MQ=255) 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aTAAAGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAGGAGAACCAGATGTATTTCGATCAAATCAAAGCCGAGCTTACCGAAGCGGCGGACGTATTAAACAAATTTTTATCTGATGACAACAACATTAAATTGAtt > 1:164186/1‑250 (MQ=255) aaGTGCGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAGGAGAACCAGATGTATTTCGATCAAATCAAAGCCGAGCTTACCGAAGCGGCGGACGTATTAAACAAATTTTTATCTGATGACAACAACATTAAATTGATTCAAc < 1:88484/251‑1 (MQ=255) | CTTCGGTGCGCTTCCACAAGCCACTCGCAATTTATTGCAAATCGCCCAATTGCGTCTGGATTTAAAACCGCTCAACGTTATTCGATTGGATGCCAATGCGCAGGGCGGCTTTATTGAGTTTGCGCCGAACGCCGATTTGGACCCGACGATCTTTTTGCAGCTGATCCAACGCAATCCCTCCGTCTATCGCTTCGACGGCCCGCACAAATTCCGCTTTAGCAAAGATTTAACGGACAATAAAGTACGGTTAGAATTTGTGGTGGATTTAGTGCGGGAATTGATTATCCCCCGATAATTTCTGCGGCTAATGAATTTCTCGGGTATTGAGCGATACGCTGTTTTTGCATACAATCTACCGACTTTTCACGTTAAAGAAAAACTCAAAAGGAGAACCAGATGTATTTCGATCAAATCAAAGCCGAGCTTACCGAAGCGGCGGACGTATTAAACAAATTTTTATCTGATGACAACAACATTAAATTGATTCAAC > 1/892061‑892550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |