| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 880,998 | A→G | I449T (ATA→ACA) | unknown ← | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 880,998 | 0 | A | G | 100.0% | 166.8 / NA | 55 | I449T (ATA→ACA) | unknown | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (28/27); total (28/27) | |||||||||||
ATTGAATAAATTACTATAACTGACATTAGAATAATCCGGTAATACATAACGATTGACTAACTGTGTACGATTAAATTCACTATTTTGTACCGGTTGTGCAACAGTCGTATCGTCAACAAATTCATTGATTGCAAATGTTTTTGCCGGAACGATAATTGAGGCCAATGCAATGGAGGCCGTAATAACTAATTTTCTCATTGTATGAACCCACTATTCTTTAAGAAGTTAGATATTAATGTCTTGTAATAAACATTCTTTAACGGAGTCGTATGGAAGAATCTTTCCATTGTTCCGGTTTTTTCAAAATCAGGGTAAACAACATCTTTTTCATTTACCGGTTTTACTACATTTACTGTTGCTACGATAACTAACTCTTTTTTATCGCGCTCAGTTGTTGCATTACGGAAGAAAGAACCTAAAATTGGGATGTCTCCTAAAAGAGGAACTTTGTTTATACCTTCAAGGTCATTTGAG > 1/880767‑881240 | aTTGAATAAATTACTATAACTGACATTAGAATAATCCGGTAATACATAACGATTGACTAACTGTGTACGATTAAATTCACTATTTTGTACCGGTTGTGCAACAGTCGTATCGTCAACAAATTCATTGATTGCAAATGTTTTTGCCGGAACGATAATTGAGGCCAATGCAATGGAGGCCGTAATAACTAATTTTCTCATTGTATGAACCCACTATTCTTTAAGAAGTTAGATGTTAATGTCTTGTAATAAAc < 1:801448/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |