| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 805,884 | T→C | K213E (AAA→GAA) | unknown ← | Transcriptional regulator of glmS gene, DeoR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 805,884 | 0 | T | C | 99.0% | 277.5 / NA | 99 | K213E (AAA→GAA) | unknown | Transcriptional regulator of glmS gene, DeoR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (47/51); total (47/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ATTTCCGCGATATCACGTTGTGCCACTGCACCGACGATTCCACACATAAGCTTTAGCTCTCCTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTTCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGCCATAACACGGCTTAAACCAACCAATTCGTTAAAGGTGGTCGTGCCGCGTTCAAAATCAATGCCATCCGCGCCGATAAATAACTGATCAAAGTTATAAGAACGCAACACCTGTTCCGCCACATTGCCTTGAAAGGATTCGGAGCGGTTATCCCAAGTGCCGCCGGTCATTAACAGGGTCGGTTCATTTTCTAAAGAACGCAACTCATTC > 1/805643‑806125 | aTTTCCGCGATATCACGTTGTGCCACTGCACCGACGATTCCACACATAAGCTTTAGCTCTCCTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATcac < 1:136186/251‑1 (MQ=255) 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gTTGTGCCACTGCACCGACGATTCCACACATAAGCTTTAGCTCTCCTGAATTAAATAAAAAAAAGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGc > 1:112831/1‑250 (MQ=255) gtgCCACTGCACCGACGATTCCACACATAAGCTTTAGCTCTCCTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCAc > 1:710271/1‑238 (MQ=255) gacgaTTCCACACATAAGCTTTAGCTCTCCTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGcc > 1:653260/1‑244 (MQ=255) 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1:465814/205‑1 (MQ=255) tcCTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGCCATAACACGGCTTAAACCAACCAATTCGTTAAAgg < 1:556163/251‑1 (MQ=255) tcCTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGCCATAACACGGCTTAAACCAACCAATTCGTTAAAgg < 1:403174/251‑1 (MQ=255) ccTGAATTAAATAAAAAAACGTTTGCGAAAACCACCGCACTTTAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATcac > 1:637498/1‑191 (MQ=255) 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tttAAGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGCCATAACACGGCTTAAACCAACCAATTCGTTAAAGGTGGTCGTGCCGCGTTCAAAATCAATGCCATCCGCGCCGata > 1:860433/1‑251 (MQ=255) aaGCACAGATCACCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCACC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGCCATAACACGGCTTAAACCAACCAATTCGTTAAAGGTGGTCGTGCCGCGTTCAAAATCAATGCCATCCGCGCCGataaat < 1:480750/251‑1 (MQ=255) cacaGATCCCCTCTACGCCATGGGCTGCAATACGGTTTTTGCTTTCTTCCGACAACAAACTATCGGTAATTAATACATCAATTTGCTGCCAGGTTAATTCTACATTGGGCATTTTGCGCCCGATTTTTTGTGATTCCCCC‑ATCACAATCACTTCACGTGCCACTTCCGCCATAACACGGCTTAAACCAACCAATTCGTTAAAGGTGGTCGTGCCGCGTTCAAAATCAATGCCATCCGCGCCGATAAATAAc < 1:472723/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |