| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 729,117 | T→C | intergenic (‑165/‑228) | unknown ← / → unknown | hypothetical protein/Mobile element protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 729,117 | 0 | T | C | 91.8% | 97.1 / 0.8 | 49 | intergenic (‑165/‑228) | unknown/unknown | hypothetical protein/Mobile element protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base C (21/24); total (24/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
GATCAGGCGATTGCCAGCTTTTATAGCTAATTTCGTTCCCGTTCAAAATTAATTCGCCATCTTTTTGCACGGTAACGGAGAATGCTTAGAAAGGTTAATCCTAGAGCTAATGCTATTTTTTTCATTTTAATGTCCTTAAATTATGCAAATTTTACCGGATTTTTTGACCGCACTTTGCTCTGCACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTAAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGG‑‑AAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAG > 1/728883‑729290 | gATCAGGCGATTGCCAGCTTTTATAGCTAATTTCGTTCCCGTTCAAAATTAATTCGCCATCTTTTTGCACGGTAACGGAGAATGCTTAGAAAGGTTAATCCTAGAGCTAATGCTATTTTTTTCATTTTAATGTCCTTAAATTATGCAAATTTTACCGGATTTTTTGACCGCACTTTGCTCTGCACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTtaaaaa > 1:477773/1‑251 (MQ=255) aTTGCCAGCTTTTATAGCTAATTTCGTTCCCGTTCAAAATTAATTCGCCATCTTTTTGCACGGTAACGGAGAATGCTTAGAAAGGTTAATCCTAGAGCTAATGCTATTTTTTTCATTTTAATGTCCTTAAATTATGCAAATTTTACCGGATTTTTTGACCGCACTTTGCTCTGCACCCCAAAACCTGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAAc < 1:374279/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |