| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 656,960 | G→A | S3S (AGC→AGT) | unknown ← | Twin‑arginine translocation protein TatC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 656,960 | 0 | G | A | 98.8% | 236.1 / NA | 83 | S3S (AGC→AGT) | unknown | Twin‑arginine translocation protein TatC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/41); minor base C (0/1); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAATAAAAACGGCAACCACACCGGTGAGTTTAATCGGGGTAAAAAACGGCGTGGCGATGTTGGTGGCAATCATGCTGGAACCGTTCGGCAGGTTCGCTGTCAGCGGTGCCGCCACAAAATTATAAATTTCGTTAGAAAAGTAAACTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACGCTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAGTTCGATTTCTTCCTGTTCCGCCAGCTCCGCCGGGGAAAGTGCGGTCGTTTTTTCCGTTGTTTTTGTGGCAGCGAGGGCTTCCGTTTGTGGCT > 1/656718‑657202 | gAAATAAAAACGGCAACCACACCGGTGAGTTTAATCGGGGTAAAAAACGGCGTGGCGATGTTGGTGGCAATCATGCTGGAACCGTTCGGCAGGTTCGCTGTCAGCGGTGCCGCCACAAAATTATAAATTTCGTTAGAAAAGTAAACTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCAt > 1:896042/1‑251 (MQ=255) aTAAAAACGGCAACCACACCGGTGAGTTTAATCGGGGTAAAAAACGGCGTGGCGATGTTGGTGGCAATCATGCTGGAACCGTTCGGCAGGTTCGCTGTCAGCGGTGCCGCCACAAAATTATAAATTTCGTTAGAAAAGTAAACTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAg < 1:741883/251‑1 (MQ=255) aTAAAAACGGCAACCACACCGGTGAGTTTAATCGGGGTAAAAAACGGCGTGGCGATGTTGGTGGCAATCATGCTGGAACCGTTCGGCAGGTTCGCTGTCAGCGGTGCCGCCACAAAATTATAAATTTCGTTAGAAAAGTAAACTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAg < 1:858482/251‑1 (MQ=255) tAAAAACGGCAACCACACCGGTGAGTTTAATCGGGGTAAAAAACGGCGTGGCGATGTTGGTGGCAATCATGCTGGAACCGTTCGGCAGGTTCGCTGTCAGCGGTGCCGCCACAAAATTATAAATTTCGTTAGAAAAGTAAACTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGt < 1:521108/251‑1 (MQ=255) 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< 1:150481/180‑1 (MQ=255) aaaCTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAg > 1:642256/1‑251 (MQ=255) aaCTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAGt > 1:896957/1‑251 (MQ=255) cTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCaa > 1:88463/1‑136 (MQ=255) aGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAgg > 1:107656/1‑123 (MQ=255) 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tGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAGTTCGATTTCTTCCTGTTCCGCCAGCTCCGCCGGGGAAAGTGCGGTCGTTTTTTc < 1:267232/251‑1 (MQ=255) gCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAGTTCGATTTCTTCCTGTTCCGCCAGCTCCGCCGGGGAAAGTGCGGTCGTTTTTTc > 1:702054/1‑250 (MQ=255) tAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACACTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAGTTCGATTTCTTCCTGTTCCGCCAGCTCCGCCGGGGAAAGTGCGGTCGTTTTTTCCgt < 1:643909/250‑1 (MQ=255) 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GAAATAAAAACGGCAACCACACCGGTGAGTTTAATCGGGGTAAAAAACGGCGTGGCGATGTTGGTGGCAATCATGCTGGAACCGTTCGGCAGGTTCGCTGTCAGCGGTGCCGCCACAAAATTATAAATTTCGTTAGAAAAGTAAACTAGTGCAACAAACACCACGGCGACGAAAATAATGCTGCGTAATAAGCGAGTGCGTAGTTCTACCAAGTGAGTGATGAGGGGTTGAGTATCGTCAACGCTGGTCATAAGTTATCCTGATGTGAGGCTATCCCGCAAAGCACGGTTAACTTTTCTCTGAGACTTTGGCCAAATGTGCCGATGCCGTATTAGCCGGCAGCGGATTGTCCGGATCGTATTGATTGATGTAATGGGCGAGTTTTTCGTCCAGTTCGATTTCTTCCTGTTCCGCCAGCTCCGCCGGGGAAAGTGCGGTCGTTTTTTCCGTTGTTTTTGTGGCAGCGAGGGCTTCCGTTTGTGGCT > 1/656718‑657202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |