| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 652,519 | G→A | E146K (GAG→AAG) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 652,519 | 0 | G | A | 100.0% | 141.5 / NA | 50 | E146K (GAG→AAG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (26/24); total (26/24) | |||||||||||
GTTCAGAAGCTGAAAAATTATCTAAATATATAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATGAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGTTTAATAAAAACTAAATTTAATATAGATAGAAATACGAATATGCCTATTTATGATAAATCATCAGGAAAACCTAAAGGTTCTAGATATATAACTCATTTAGGAAAAATGTTGCTTAAAGAG > 1/652280‑652764 | gTTCAGAAGCTGAAAAATTATCTAAATATATAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTaga > 1:485092/1‑251 (MQ=255)gTTCAGAAGCTGAAAAATTATCTAAATATATAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTag < 1:717986/250‑1 (MQ=255) atatatAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGGTTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAgg > 1:455537/1‑218 (MQ=255) atatatAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTAc < 1:268142/243‑1 (MQ=255) atatatAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAAct > 1:48544/1‑250 (MQ=255) ataGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGt > 1:115358/1‑237 (MQ=255) ataGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTctag > 1:432802/1‑250 (MQ=255) 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ggATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGttt > 1:256094/1‑251 (MQ=255) cAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTAcc > 1:737926/1‑138 (MQ=255) tatCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTAcc < 1:483822/128‑1 (MQ=255) tatCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAag > 1:64594/1‑204 (MQ=255) atCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTgg > 1:11779/1‑153 (MQ=255) atCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGc > 1:60108/1‑196 (MQ=255) cATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATCGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAagag > 1:56825/1‑180 (MQ=255) aTTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTatat < 1:741767/127‑1 (MQ=255) aTTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCtaataa > 1:17595/1‑154 (MQ=255) tAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAagag < 1:502776/131‑1 (MQ=255) 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cacTGGGTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGtt > 1:111409/1‑141 (MQ=255) gggTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGt > 1:339072/1‑136 (MQ=255) gggTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGTTTAATAAAAACTAAATTTAATATAGATAGAAATACGAATATGCCTATTTa < 1:598373/186‑1 (MQ=255) gggTGGTGATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGTTTAATAAAAACTAAATTTAATATAGATAGAAATACGAATATGCCTATTTATGATAAATCATCAGGAAAACCTAAAGGTTCTAGATATATAACTCATTTAGGAAAAATGTTGCTTa > 1:150866/1‑251 (MQ=255) gtgATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATaa < 1:718215/109‑1 (MQ=255) gtgATAAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATCTAGAAAGATTAGGTTTAATAAAAACTAAATTTAATATAGATAGAAATACGAATATGCCTATTTATGATAAATCATCAGGAAAACCTAAAGGTTCTAGATATATAACTCATTTAGGAAAAATGTTGCTTAAagag > 1:160719/1‑251 (MQ=255) | GTTCAGAAGCTGAAAAATTATCTAAATATATAGCATTGTTTGAAGATGGTTTATTCTACGCTTTTCGAGCTGCTAGTGAAAAGCGTCTTGAGCATATTGCCTCTATAGTGGCGAATGGATTAAATAAAGAACAAGTACAAATATCTCAATCTATCCATTTACTCAATTTACTATCAGACTTAAATGATGAAGAGATTATTTGGTTAAGATTTTATTTACACCCAACACTGGGTGGTGATGAGGAATTTAGAGATAAACATAAGAGTACCTTAACTCTAGCTAGAAATTATATTGGAGCTTCAGAAGAAGAGGCTAATAAATCTGCTATTCAAGAGAGCTATAAAGAGCATTTAGAAAGATTAGGTTTAATAAAAACTAAATTTAATATAGATAGAAATACGAATATGCCTATTTATGATAAATCATCAGGAAAACCTAAAGGTTCTAGATATATAACTCATTTAGGAAAAATGTTGCTTAAAGAG > 1/652280‑652764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |