| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 83,301 | A→G | V597A (GTG→GCG) | unknown ← | Peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase PpiD (EC 5.2.1.8) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 83,301 | 0 | A | G | 99.4% | 439.9 / ‑5.6 | 153 | V597A (GTG→GCG) | unknown | Peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase PpiD (EC 5.2.1.8) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (77/75); total (78/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CATTAAACCTAGTTTATGCTTTACTAACGGATGTTTAACTTCTACTAATTTCATCGTATGTCTCCTTATTTTTTGCTGGATGGTTAGACGCGAAAAATTAACTCGCGGAATTGTAAATAAAAATACTTTTAGTGAACAGTGCATTGCAGACAAAAATAATGCCTATGTGTCATAGGCATTATGTGCAATTATTGCTCCTGATTCACCACCGAATCGTTTATTTCAATTTTGGCTTTGGCGCGTAACACATTCAACAGATTATTCTGCAACGCAATCTGATCGGCACGCGCCAGTTGCACGGCAAATTGTTGTTGCTCCTGTTCGCTTAGTGCGCCGTCAACAACCTTATCCAAGGCAATCACAACAATGTCGCCTTTTGTTTCTTTGGTTGCTTGGTAAACCGCTTTTCCTTCCGTCGGTTTCGGCATCGCAAACACGGCATTGTACAACATCGGATCGTTATTTTCTGCGAATACCAAGCTTTGTGTC > 1/83055‑83543 | cATTAAACCTAGTTTATGCTTTACTAACGGATGTTTAACTTCTACTAATTTCATCGTATGTCTCCTTATTTTTTGCTGGATGGTTAGACGCGAAAAATTAACTCGCGGAATTGTAAATAAAAATACTTTTAGTGAACAGTGCATTGCAGACAAAAATAATGCCTATGTGTCATAGGCATTATGTGCAATTATTGCTCCTGATTCACCACCGAATCGTTTATTTCAATTTTGGCTTTGGCGCGTAACGCAtt > 1:126120/1‑251 (MQ=255) 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1:60525/200‑1 (MQ=255) tcCTTATTTTTTGCTGGATGGTTAGACGCGAAAAATTAACTCGCGGAATTGTAAATAAAAATACTTTTAGTGAACAGTGCATTGCAGACAAAAATAATGCCTATGTGTCATAGGCATTATGTGCAATTATTGCTCCTGATTCACCACCGAATCGTTTATTTCAATTTTGGCTTTGGCGCGTAACGCATTCAACAGATTATTCTGCAACGCAATCTGATCGGCACGCGCCAGTTGCACGGCAAAttgttgtt > 1:822168/1‑251 (MQ=255) ccTTATTTTTTGCTGGATGGTTAGACGCGAAAAATTAACTCGCGGAATTGTAAATAAAAATACTTTTAGTGAACAGTGCATTGCAGACAAAAATAATGCCTATGTGTCATAGGCATTATGTGCAATTATTGCTCCTGATTCACCACCGAATCGTTTATTTCAATTTTGGCTTTGGCGCGTAACGCATTCAACAGATTATTCTGCAACGCAATCTGATCGGCACGCGCCAGTTGCACGGCAAAttgttgttg > 1:598945/1‑251 (MQ=255) tGGATGGTTAGACGCGAAAAATTAACTCGCGGAATTGTAAATAAAAATACTTTTAGTGAACAGTGCATTGCAGACAAAAATAATGCCTATGTGTCATAGGCATTATGTGCAATTATTGCTCCTGATTCACCACCGAATCGTTTATTTCAATTTTGGCTTTGGCGCGTAACGCATTCAACAGATTATTCTGCAACGCAATCTGATCGGCACGCGCCAGTTGCACGGCAAATTGTTGTTGCTCCTGTTCGCtt < 1:279867/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |