| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 478,612 | T→A | L236H (CTC→CAC) | unknown → | tRNA‑5‑carboxymethylaminomethyl‑2‑ thiouridine(34) synthesis protein MnmG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 478,612 | 0 | T | A | 98.9% | 266.6 / NA | 90 | L236H (CTC→CAC) | unknown | tRNA‑5‑carboxymethylaminomethyl‑2‑ thiouridine(34) synthesis protein MnmG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (42/47); total (42/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGGCACTTTCCTCGCCGGCAAGATCCATATTGGTTTGGAAAATTATACCGGCGGGCGTGCAGGTGATCCTGCTTCCGTCACATTAGCCCAGCGTTTGCGCGATCTCAATTTACGGGTGGATCGCTTAAAAACCGGTACACCACCGCGTATTGATGCGCGTACGATCAATTTTGATGTGCTTGCTAAACAACATGGCGATGCCGTATTGCCAGTGTTCTCGTTTATGGGATCTGTTTCCGATCTCCCACAACAAATTCCTTGTTATATCACCCATACTAACGAGCAAACTCATGACGTGATCCGCAATAATTTGGATCGCAGCCCAATGTACACCGGTGTGATTGAAGGCATCGGTCCACGTTACTGTCCGTCTATTGAAGATAAAGTGATGCGTTTTGCGGATCGCAATTCTCATCAGATTTACCTTGAACCGGAAGGCTTAACCAGTAATGAAATTTATCCGAACGGAATCTCCACCAGTTTGCCG > 1/478368‑478856 | gCCGGCACTTTCCTCGCCGGCAAGATCCATATTGGTTTGGAAAATTATACCGGCGGGCGTGCAGGTGATCCTGCTTCCGTCACATTAGCCCAGCGTTTGCGCGATCTCAATTTACGGGGGGATCGCTTAAAAACCGGTACACCACCGCGTATTTATGCGCGTACGATCAATTTTGATGTGCTTGCTAAACAACATGGCGATGCCGTATTTCCAGTGTTCTCGTTTATGGGATCTGTTTCCGATCACCcaca > 1:668439/1‑251 (MQ=255) 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gCAAGATCCATATTGGTTTGGAAAATTATACCGGCGGGCGTGCAGGTGATCCTGCTTCCGTCACATTAGCCCAGCGTTTGCGCGATCTCAATTTACGGGTGGATCGCTTAAAAACCGGTACACCACCGCGTATTGATGCGCGTACGATCAATTTTGATGTGCTTGCTAAACAACATGGCGATGCCGTATTGCCAGTGTTCTCGTTTATGGGATCTGTTTCCGATCACCCACAACAAATTcc > 1:802434/1‑241 (MQ=255) aTCCATATTGGTTTGGAAAATTATACCGGCGGGCGTGCAGGTGATCCTGCTTCCGTCACATTAGCCCAGCGTTTGCGCGATCTCAATTTACGGGTGGATCGCTTAAAAACCGGTACATCACCGCGTATTGATGCGCGTACGATCAATTTTGATGTGCTTGCTAAACAACATGGCGATGCCGTATTGCCAGTGTTCTCGTTTATGGGATCTGTTTCCGATCACCCACAACAAATTCCTTGTTATATCACCCa > 1:83043/1‑251 (MQ=255) aTCCATATTGGTTTGGAAAATTATACCGGCGGGCGTGCAGGTGATCCTGCTTCCGTCACATTAGCCCAGCGTTTGCGCGATCTCAATTTACGGGTGGATCGCTTAAAAACCGGTACACCACCGCGTATTGATGCGCGTACGATCAATTTTGATGTGCTTGCTAAACAACATGGCGATGCCGTATTGCCAGTGTTCTCGTTTATGGGATCTGTTTCCGATCACCCacaac > 1:561463/1‑229 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |