| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 75,253 | T→C | R91R (CGT→CGC) | unknown → | Type IV pilus biogenesis protein PilF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 75,253 | 0 | T | C | 100.0% | 233.5 / NA | 82 | R91R (CGT→CGC) | unknown | Type IV pilus biogenesis protein PilF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (47/35); total (47/35) | |||||||||||
CAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGTACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGA > 1/75009‑75497 | cAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGcc < 1:279587/251‑1 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aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCtt > 1:575279/1‑104 (MQ=255) aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGaaa > 1:598209/1‑195 (MQ=255) aTCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAAtct > 1:141631/1‑250 (MQ=255) acaacaGGGCGACATTGAACAAGCCCGCACCGCCTATTTGAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCat < 1:336606/251‑1 (MQ=255) 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1:27881/251‑1 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGaaa > 1:285897/1‑175 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCg < 1:501496/183‑1 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtct > 1:842013/1‑250 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtct > 1:200891/1‑250 (MQ=255) gAACAAGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtct > 1:701632/1‑250 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAgat > 1:633834/1‑37 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAAtc > 1:295642/1‑244 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGa > 1:859367/1‑251 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGa > 1:50579/1‑251 (MQ=255) aGCCCGCACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGa > 1:116800/1‑251 (MQ=255) | CAATACCGTTTATTTTTCCGTTTTTGCTTTCCGCCTGCGTCACCCAACAAAGTGCGGTGGATTTTGACAAGCAAAAAGCCGCCAAAGCACGCGTGGAACTGGCATTAGGCTATTTACAGCAGCAAGATTCGGCACAAGCCAAGCTGAACCTGGATAAAGCCTTTTCTTACGCTCCCGATTATTATTTAGTGTCAGCGGCATTTGCCTATTTCTATCAACAACAGGGCGACATTGAACAAGCCCGTACCGCCTATTTAAACGCGATAAAATTAGATGATAAACAA‑GGGGATGTGTTCAATAATTACGGTGCATTTCTTTGTGCGCAAGGGGAATTCGACAGTGCCTATGTACAATTTGAACGCGCCTTAAAAAGCTCGAATTATTACCATCAGGCGGACACTTATGAAAACTTGGCGTTATGTGCTTTATCCGCCAAAAATCAGGCGATTTATCGGCAAAATCTCGCATTATTGACGAAAATCTCTCCGA > 1/75009‑75497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |