| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 434,529 | C→T | intergenic (‑179/‑341) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/Transaldolase (EC 2.2.1.2) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 434,529 | 0 | C | T | 97.3% | 97.4 / ‑4.1 | 37 | intergenic (‑179/‑341) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/Transaldolase (EC 2.2.1.2) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (18/18); minor base A (1/0); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AAACTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATTATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCCACAACGGCGCGTCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGTATTTACTAATTCTTTGCAAGAGTTTTTTACAAAAAAATTGAACTTTTTTTCCAATTGCTAATAATTTGCATATCATGAAATTTTAGCCGCGCTAAAAAATACAAATATTTAACATTAATTTAACAAGATAAAACCTATTAATTTCATTATGTGAAACGCGCTTTTATAAAGGTATTTTAAAGTTGCTTTCTGTATCAAATACGGTTA > 1/434334‑434771 | aaaCTCTTCAATTCAAAAAGCTTAATCCCTCAATAGCTGACTTAATTAATCTATTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATCAAGTTCAATCTTAAAATTATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGTCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGTATTTACTAATTCTTTGCAag < 1:284246/251‑1 (MQ=37) attaatCTTTTATAAATAATATAAATAAACGAATCTTCCGGCACCTATTAAGTTCAATCTTAAAATTATTTAAAACGAATCTATAAGTGCCCACACAGTTTGTATGATTGATTGTTAAAGAACAAAAAACGACGCGCTGTCTATAAAACCCTACAACGGCGCGTCGTTGTGCCCGCGTATTATAGGTATTTACTAATTCTTTGCAAGAGTTTTTTACAAAAAAATTGAACTTTTTTTCCAATTGCtaataa < 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1/434334‑434771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |