| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 408,399 | A→G | T455T (ACT→ACC) | unknown ← | Efflux ABC transporter, permease/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 408,399 | 0 | A | G | 99.1% | 354.3 / NA | 115 | T455T (ACT→ACC) | unknown | Efflux ABC transporter, permease/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (57/57); minor base T (0/1); total (57/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCTAAAAAGGCGACTTGTGGCTTGTGCAATAATAAACGGGCGAAAGCAAGGCGTTGTTGTTCACCAAGGGATAAAATGCGACTCCAGTCTTGTTCCTGTGCCAAACGATCCTGTAAATGAGCCAGCTGAACCTGTTGTAACACCTTGCTGACCTCTGTCAAATCCGCCTTTTCTATGGAGCTCGGATAATACAGCGCTGTGAGTAAATCCCCTTGTGGCAGATAAGGGCGCTGCGAGAGGAACAAAGTATTGTTTTGCGGGCAGAACACTTCTCCTTGAGCGTATAACCATAGCCCCGCTACGGTGCGTAATAAGGTGGTTTTACCTACGCCCGATTGCCCTTGGATGAGCAAAGAATGTCCTTGCGGTAGGGTGAGATTGAGATCTTTAATCAGCGTTTTGCCAAGGGGGGATTTGACGCTGAGATGTTGGAAAATCACATCGCTCGGGTGGTCGGAAATGTGAGTTTTGCTTTCTTTTTGTGCCGCTT > 1/408154‑408643 | tCTAAAAAGGCGACTTGTGGCTTGTGCAATAATAAACGGGCGAAAGCAAGGCGTTGTTGTTCACCAAGGGATAAAATGCGACTCCAGTCTTGTTCCTGTGCCAAACGATCCTGTAAATGAGCCAGCTGAACCTGTTGTAACACCTTGCTGACCTCTGTCAAATCCGCCTTTTCTATGGAGCTCGGATAATACAGCGCTGTGAGTAAATCCCCTTGTGGCAGATAAGGGCGCTGCGAGAGGAACAAGGTAt < 1:533973/250‑1 (MQ=255) tAAAAAGGCGACTTGTGGCTTGTGCAATAATAAACGGGCGAAAGCAAGGCGTTGTTGTTCACCAAGGGATAAAATGCGACTCCAGTCTTGTTCCTGTGCCAAACGATCCTGTAAATGAGCCAGCTGAACCTGTTGTAACACCTTGCTGACCTCTGTCAAATCCGCCTTTTCTATGGAGCTCGGATAATACAGCGCTGTGAGTAAATCCCCTTGTGGCAGATAAGGGCGCTGCGAGAGGAACAAGGTATTGt < 1:752575/251‑1 (MQ=255) aaaaGGCGACTTGTGGCTTGTGCAATAATAAACGGGCGAAAGCAAGGCGTTGTTGTTCACCAAGGGATAAAATGCGACTCCAGTCTTGTTCCTGTGCCAAACGATCCTGTAAATGAGCCAGCTGAACCTGTTGTAACACCTTGCTGACCTCTGTCAAATCCGCCTTTTCTATGGAGCTCGGATAATACAGCGCTGTGAGTAAATCCCCTTGTGGCAGATAAGGGCGCTGCGAGAGGAACAAGGTATTGttt < 1:819652/251‑1 (MQ=255) cTTGTGGCTTGTGCAATAATAAACGGGCGAAAGCAAGGCGTTGTTGTTCACCAAGGGATAAAATGCGACTCCAGTCTTGTCCCTGTGCCAAACGATCCTGTAAATGAGCCAGCTGAACCTGTTGTAACACCTTGCTGACCTCTGTCAAATCCGCCTTTTCTATGGAGCTCGGATAATACAGCGCTGTGAGTAAATCCCCTTGTGGCAGATAAGGGCGCTGCGAGAGGAACAAGGTATTGTTTTGCGGGCAg > 1:816330/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |