| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 404,994 | G→C | G103A (GGT→GCT) | unknown → | TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 404,994 | 0 | G | C | 100.0% | 252.9 / NA | 84 | G103A (GGT→GCT) | unknown | TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (46/38); total (46/38) | |||||||||||
AACGAGAAAAAACCATTTACCGAGGCGAAAGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGGTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGCCCGTAAATGGT > 1/404753‑405236 | aaCGAGAAAAAACCATTTACCGAGGCGAAAGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAAtt < 1:592692/250‑1 (MQ=255) gaAAAAACCATTTACCGAGGCGAAAGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGt > 1:615906/1‑251 (MQ=255) aCCATTTACCGAGGCGAAAGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTg > 1:287190/1‑251 (MQ=255) aCCGAGGCGAAAGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAAt > 1:391259/1‑251 (MQ=255) aGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAAtt > 1:1005/1‑251 (MQ=255) aaTGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGAtt < 1:229442/250‑1 (MQ=255) gTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAg > 1:180897/1‑244 (MQ=255) tCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAAcc < 1:95541/251‑1 (MQ=255) tCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAAcc < 1:542307/251‑1 (MQ=255) tCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAAcc < 1:180572/251‑1 (MQ=255) aGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAgg > 1:1901/1‑250 (MQ=255) cacaGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACt < 1:52419/251‑1 (MQ=255) gATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAAt < 1:756004/204‑1 (MQ=255) ggTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCgggggaa > 1:239647/1‑248 (MQ=255) ggTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTaa > 1:290160/1‑251 (MQ=255) gTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAAc < 1:462283/218‑1 (MQ=255) gTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTaaa > 1:381874/1‑251 (MQ=255) gtagtaTTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTc > 1:808937/1‑250 (MQ=255) tagtaTTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACtt < 1:287189/225‑1 (MQ=255) tagtaTTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGGAAATTc > 1:602699/1‑249 (MQ=255) gCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGggcgg > 1:289189/1‑250 (MQ=255) ttACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCaaaa > 1:662818/1‑250 (MQ=255) ttACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGGAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAAt > 1:401571/1‑251 (MQ=255) aCTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGAGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCCAAttt > 1:605986/1‑251 (MQ=255) ggATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGGAAATTc > 1:470257/1‑222 (MQ=255) aaGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGgtg < 1:178331/251‑1 (MQ=255) gTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGtgtg > 1:685381/1‑251 (MQ=255) cTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGt > 1:800609/1‑205 (MQ=255) cTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAat < 1:480031/251‑1 (MQ=255) cTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGGGTGAat > 1:409286/1‑251 (MQ=255) gTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGAtgt > 1:369629/1‑251 (MQ=255) tACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGAtgt < 1:70733/250‑1 (MQ=255) aTCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTTAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑tt > 1:144519/1‑250 (MQ=255) aTCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑tt > 1:514484/1‑250 (MQ=255) ccTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAg > 1:358577/1‑251 (MQ=255) ccTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAAATTCTTTTACGGGGGGGGAAAATTAAGTACTTTAGGTGTAAatattgggactcag > 1:563038/1‑239 (MQ=255) aTTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATaa < 1:595731/251‑1 (MQ=255) ggTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGGGTGAATGATGGGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCt > 1:171374/1‑250 (MQ=255) cGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGTAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAgg < 1:428365/251‑1 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGAtt > 1:10295/1‑125 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACcggcg < 1:115317/155‑1 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAggg < 1:286436/219‑1 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGAt > 1:262214/1‑251 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGAt > 1:792852/1‑251 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGGGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGAt > 1:158508/1‑251 (MQ=255) ggCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGAAGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGgtg < 1:824009/200‑1 (MQ=255) cacCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCt < 1:209555/161‑1 (MQ=255) cacCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGGGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCAACAAAGGATTAACCg > 1:653126/1‑251 (MQ=255) cacCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGGAAATTCCTTGTAc > 1:341375/1‑166 (MQ=255) acCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCgg < 1:180436/251‑1 (MQ=255) ccATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCgg < 1:450259/139‑1 (MQ=255) ccATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTTCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAAAGATGTGATTTCA‑GGGGATAAAAACTAAGGCTTCCTCACCAAAAGATTAAcccgt > 1:104023/1‑248 (MQ=255) ccATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTAc < 1:346047/164‑1 (MQ=255) ccATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTTAGAACTTTAGGGGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCggg > 1:387024/1‑250 (MQ=255) acacAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGgtg < 1:335829/175‑1 (MQ=255) acacAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAat < 1:153497/250‑1 (MQ=255) aCTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTa < 1:344968/251‑1 (MQ=255) cTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTa > 1:826169/1‑42 (MQ=255) cTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAgg < 1:178474/166‑1 (MQ=255) cTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTAc < 1:137153/251‑1 (MQ=255) cTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAAACAAATATAACTa > 1:470820/1‑250 (MQ=255) tATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGc < 1:375253/251‑1 (MQ=255) aTTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAAc < 1:325017/191‑1 (MQ=255) aTTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCa > 1:233827/1‑251 (MQ=255) aCCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTAt < 1:716706/68‑1 (MQ=255) aCCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATggg < 1:268454/251‑1 (MQ=255) aCCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATggg < 1:148016/251‑1 (MQ=255) ccTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGt < 1:255440/251‑1 (MQ=255) ccTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGt < 1:548185/251‑1 (MQ=255) ctATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAAcc > 1:564120/1‑83 (MQ=255) ctATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGtg > 1:405916/1‑249 (MQ=255) ctATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGtg > 1:666289/1‑249 (MQ=255) ctATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAAACGGCGATAACg > 1:375222/1‑219 (MQ=255) ctATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGGAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGGGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGAAAAAAACTATGGCCTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAAAGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGtg > 1:315295/1‑249 (MQ=255) tATGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTCTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTcc < 1:119192/118‑1 (MQ=255) aTGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAggg > 1:582976/1‑170 (MQ=255) aTGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGGAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGtgctg > 1:885725/1‑250 (MQ=255) tGGATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGcc < 1:848508/251‑1 (MQ=255) gATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAat < 1:78514/153‑1 (MQ=255) gATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGAt > 1:415551/1‑199 (MQ=255) gATGCAGGGCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGCCCg > 1:279813/1‑251 (MQ=255) gCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGCCCGTAAATgg < 1:39224/250‑1 (MQ=255) gCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGCCCGTAAATGGt > 1:431601/1‑251 (MQ=255) gCGTGCAGCTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTACCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACGTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGCTAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGCACGTAAATgg < 1:286113/250‑1 (MQ=255) | AACGAGAAAAAACCATTTACCGAGGCGAAAGCTAAAAGTACCCGCGAGAATGTCTTCAAGTCCACAGAAACCGTTGATAATGTGGTACGTAGTATTCCCGGGGCATTTACTCAACAGGATAAAAGTTCTGGCGTACTATCCTTAAACATTCGTGGCGAAACCGGGTTCGGACGGGCGAACACCATGGTTGATGGGGTGACACAAACTTTTTATTCAACCTCTATGGATGCAGGGCGTGCAGGTGGTAATTCGCAGTTTGGTGCGGCAATCGATCCGAATTTTATTGCCGGTATAGATTTAACCAAAGGCAACTTTAGCGGAACCGGCGGGGTAAATTCCTTGTACGGGGCGGCAAATTTCAGAACTTTAGGTGTGAATGATGTGA‑TTCAGGGGGATAAAAACTATGGCTTCCTCACCAAAGGATTAACCGGCGATAACGAAACCAAATATAACTACATGGCAATGGGTGCTGCCCGTAAATGGT > 1/404753‑405236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |