| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,025,262 | A→G | A267A (GCT→GCC) | unknown ← | Octaprenyl diphosphate synthase (EC 2.5.1.90) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,025,262 | 0 | A | G | 98.9% | 262.4 / ‑5.0 | 88 | A267A (GCT→GCC) | unknown | Octaprenyl diphosphate synthase (EC 2.5.1.90) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (45/42); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
TTTGCGCGGTTTTTGCTTGCGAATTTTGTTTTGAAAATTAACCGCACTTTTGGGGTTATGTTGTTCTGTCATCCTAATAGGTTCTATCTACGGATAAATATGCCAAGGAAATCAACGCCAGTTTATATTCGCTTTCCGGCAAACATTGAATGGCATCAACGGCTTTTTGCGCTTCTTGTTTGGCGCGGTTCATGGCGTAATCTAAAGAGTTGTGTTCCGCCATAATGGCTAATACGTCATCAATAGCATCACGTCTTCCTCCTTGCTCAATGGCTTTGCGGATTAAGGCGGCTTGCTGCGCATTGCCGTGGTGCATGGCGTGTAACAAAGGAAGGGTTGGTTTTCCTTCGGCTAAATCATCACCAACATTTTTCCCTAAGGCGTTTGCGTTGGCGCTGTAATCCAGAACGTCATCCACCAATTGAAATGCGGTGCCGAGATAACGACCGTAATTCTGTAATGCTTTTTCCTGCGTGTCATCCGCGCCGGCA > 1/2025018‑2025508 | tttGCGCGGTTTTTGCTTGCGAATTTTGTTTTGAAAATTAACCGCACTTTTGGGGTTATGTTGTTCTGTCATCCTAATAGGTTCTATCTACGGATAAATATGCCAAGGAAATCAACGCCAGTTTATATTCGCTTTCCGGCAAACATTGAATGGCATCAACGGCTTTTTGCGCTTCTTGTTTGGCGCGGTTCATGGCGTAATCTAAAGAGTTGTGTTCCGCCATAATGGCTAATACGTCATCAATGGCATCa > 1:492627/1‑251 (MQ=255) 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1:713032/154‑1 (MQ=255) ccAGTTTATATTCGCTTTCCGGCAAACATTGAATGGCATCAACGGCTTTTTGCGCTTCTTGTTTGGCGCGGTTCATGGCGTAATCTAAAGAGTTGTGTTCCGCCATAATGGCTAATACGTCATCAATGGCATCACGTCTTCCTCCTTGCTCAATGGCTTTGCGGATTAAGGCGGCTTGCTGCGCATTGCCGTGGTGCATGGCGTGTAAc > 1:281721/1‑209 (MQ=255) gTTTATATTCGCTTTCCGGCAAACATTGAATGGCATCAACGGCTTTTTGCGCTTCTTGTTTGGCGCGGTTCATGGCGTAATCTAAAGAGTTGTGTTCCGCCATAATGGCTAATACGTCATCAATGGCATCACGTCTTCCTCCTTGCTCAATGGCTTTGCGGATTAAGGCGGCTTGCTGCGCATTGCCGTGGTGCATGGCGTGTAACAAAGGAAGGGTTGGTTTTCCTTCGGCTAAATCATCACCAACAttt > 1:798575/1‑251 (MQ=255) gTTTATATTCGCTTTCCGGCAAACATTGAATGGCATCAACGGCTTTTTGCGCTTCTTGTTTGGCGCGGTTCATGGCGTAATCTAAAGAGTTGTGTTCCGCCATAATGGCTAATACGTCATCAATGGCATCACGTCTTCCTCCTTGCTCAATGGCTTTGCGGATTAAGGCGGCTTGCTGCGCATTGCCGTGGTGCATGGCGTGTAACAAAGGAAGGGTTGGTTTTCCTTCGGCTAAATCATCACCAACAttt > 1:276966/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |