| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,022,889 | C→T | G90E (GGA→GAA) | unknown ← | tRNA‑i(6)A37 methylthiotransferase (EC 2.8.4.3) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,022,889 | 0 | C | T | 98.8% | 235.0 / NA | 82 | G90E (GGA→GAA) | unknown | tRNA‑i(6)A37 methylthiotransferase (EC 2.8.4.3) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (48/33); total (49/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTCCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTATTCATTCATCTGGCAGCCCCAGGT > 1/2022650‑2023133 | gggTATAAGGCACCACGCAGTAAGTACAGTATTTATTACAGCCTTCCATGATAGAAACAAAGGCAGTCGGGCCTTCTGCGCGCGGTTCCGGCAACCGGTCGAATTTTTCGATTTCCGGGAAACTAATATCCACCACAGCACTTTTGCCACCGCGAATTTGGTTAATCATTTCCGGTAAACGGTGCAGGGTTTGCGGCCCGAAAATAATATCCACATAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTg > 1:617735/1‑250 (MQ=255) 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1:672247/1‑250 (MQ=255) caTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTa < 1:295380/155‑1 (MQ=255) caTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAAt < 1:598224/161‑1 (MQ=255) caTAAGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTattca > 1:213255/1‑251 (MQ=255) aGGGGCACGGGTGCGAATATGTTCACCTTCCTGCGATGCTACACAACCGCCCACGCCAATCAATAAATTCGGATTGCTCTTTTTTAATTCTTTCCAGCGACCTAATTGATGGAACACTTTTTCCTGTGCTTTTTCGCGAATGGAACAGGTATTCAATAGCAAAACATCCGCTTCTTCCGGCACTTCGGTGAGTTCCAAACCATGCGTACTGTGTAATAAATCCGCCATTTTTGATGAATCGTAttcattca > 1:183883/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |