| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,979,487 | C→T | E880E (GAG→GAA) | unknown ← | RTX toxins determinant A and related Ca2+‑binding proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,979,487 | 0 | C | T | 100.0% | 166.0 / NA | 58 | E880E (GAG→GAA) | unknown | RTX toxins determinant A and related Ca2+‑binding proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (28/30); total (28/30) | |||||||||||
TCCGCTCCCCATCTTTACCGATAATTTCTTCAACTTTATTATTGAGTGATTTGTCGACTTTACCTCGCTGTAACTCAAATTGTCTCTTAAGTCGTGCACGATCCTTTTCAGGTGCGTATTCAAGAAGTTTTCTTTGATACTCATCTAATCCTGCCGATGAATTAGGTTTACTAAACCATCCTTTAAATGTTACTGCTGTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGCTCAAATGACACATCTTTGAGATTGATATTTGCTAATGATAATTTATCTTTATCACCGCTATGTTCCGTAATAGTGTGGTGCCCATATTCTTTACGGTAAACATAAATATCATTTCCTTCTCCACCGGCAAGTTGGTCATCGCCTTCTCCACCGTCAAGTAAATCATCTCCTTGGTTTCCAAACAACTTATCATTGCCACTTCCACCTCTTAGAATATCGGAACCATTGCCTCCCTCTAAGT > 1/1979249‑1979728 | tCCGCTCCCCATCTTTACCGATAATTTCTTCAACTTTATTATTGAGTGATTTGTCGACTTTACCTCGCTGTAACTCAAATTGTCTCTTAAGTCGTGCACGATCCTTTTCAGGTGCGTATTCAAGAAGTTTTCTTTGATACTCATTTAACCCCGCCGACGAATTAGGTTTATTAAACCATCCTTTAAATGTTACTGCTGTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGTTCAAATGacacc < 1:228073/251‑2 (MQ=255) 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1:193253/118‑1 (MQ=255) tACTGCTGTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGTTCAAATGACACCTCTTTGAGGTTGATATTTGCTAATGATAATTTATCTTTATCACCGCTATGTTCCGTAATAGTGTGGTGGCCATATTCCTTACGGTAAACATAAATATCATTTCCTTCTCCACCGGCAAGTTGATCATCACCTTTTCCGCCATCAAGCAAGTCATCTCCTTGGTTTCCAAATAATTTATCATTGCCACTTc < 1:573313/251‑1 (MQ=255) ctgctgTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGTTCAAATg > 1:854200/1‑54 (MQ=255) gTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGTTCAAATGACACCTCTTTGAGGTTGATCTTTGCTAATGa > 1:188340/1‑80 (MQ=255) gTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGTTCAAATGACACCTCTTTGAGGTTGATATTTGc > 1:615941/1‑74 (MQ=255) gTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGTTCAAATGACACCTCTTTGAGGTTGATATTTGCTAATGATAATTTATCTTTATCACCGCTATGTTCCGTAATAGTGTGGTGGCCATATTCCTTACGGTAAACATAAATATCATTTCCTTCTCCACCGGCAAGTTGATCATCACCTTTTCCGCCATCAAGCAAGTCATCTCCTTGGTTTCCAAATAATTTATCATTGCCACtt < 1:542347/243‑1 (MQ=255) 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TCCGCTCCCCATCTTTACCGATAATTTCTTCAACTTTATTATTGAGTGATTTGTCGACTTTACCTCGCTGTAACTCAAATTGTCTCTTAAGTCGTGCACGATCCTTTTCAGGTGCGTATTCAAGAAGTTTTCTTTGATACTCATCTAATCCTGCCGATGAATTAGGTTTACTAAACCATCCTTTAAATGTTACTGCTGTTCTATTATTTGTTTTCAATAGTAGATCATTGCCGTTACGCTCAAATGACACATCTTTGAGATTGATATTTGCTAATGATAATTTATCTTTATCACCGCTATGTTCCGTAATAGTGTGGTGCCCATATTCTTTACGGTAAACATAAATATCATTTCCTTCTCCACCGGCAAGTTGGTCATCGCCTTCTCCACCGTCAAGTAAATCATCTCCTTGGTTTCCAAACAACTTATCATTGCCACTTCCACCTCTTAGAATATCGGAACCATTGCCTCCCTCTAAGT > 1/1979249‑1979728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |