| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,978,630 | T→C | L87L (TTA→TTG) | unknown ← | RTX toxin transporter, ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,978,630 | 0 | T | C | 97.9% | 143.4 / NA | 48 | L87L (TTA→TTG) | unknown | RTX toxin transporter, ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (22/25); minor base A (0/1); total (22/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCAAAAATTTGCAAAAATATAGAAACGATTAACGTTTCTATAAAAATTTTGCGGTATTTAATTACGGCAGGAATAAACCAGGTAAAGTCGAATTTTGCTAAATTTCCTACAATAGATGCGCGTGATGCAATTAAAATCACCTTGCTTTGATAACGTTCTTCAAATTCATTTTTGTCTAAAACAATAGGATTTTTTTGAATTAGATCAAAAATGAGGTAACGATCGGTTTCTTGATCTATTTTTAATAAAATAAAGTGTTCACCATCATCACGCCAAGCCAATGCCGGTAAATGTAAAAAAGGCAATCTGTCAACTGTTTTGTTCGCAGTTCTTACCTTTAATCCAAGTGATTTTGCTGCAAGCAACCATTTAGTTTGGTTCAGCCCATGCCCATCTATATCAAATTTATGTTTTATTTCTTCCGGGTTAATTGAAATATTATGATATTGAGCCAGTACTTCCAATGCCTGA > 1/1978386‑1978858 | gTGCAAAAATTTGCAAAAATATAGAAACGATTAACGTTTCTATAAAAATTTTGCGGTATTTAATTACAGCAGGAATAAACCAGGTAAAATCGAATTTTGCTAAATTTCCTACAATAGATGCGCGTGACGCAACTAAAATCACCTTGCTTTGATAACGTTCTTCAAATTCATTTTTGTCTAAAACAATAGGATTTTTTTGCATTAGATCAAAAATGAGGTAACGATCGGTTTCTTGATCTATTTTCaataaa > 1:681118/1‑251 (MQ=255)gTGCAAAAATTTGCAAAAATATAGAAACGATTAACGTTTCTATAAAAATTTTGCGGTATTTAATTACAGCAGGAATAAACCAGGTAAAATCGAATTTTGCTAAATTTCCTACAATAGATGCGCGTGACGCAACTAAAATCACCTTGCTTTGATAACGTTCTTCAAATTCATTTTTGTCTAAAACAATAGGATTTTTTTGCATTAGATCAAAAATGAGGTAACGATCGGTTTCTTGATCTATTTTCaataaa > 1:686088/1‑251 (MQ=255)gTGCAAAAATTTGCAAAAATATAGAAACGATTAACGTTTCTATAAAAATTTTGCGGTATTTAATTACAGCAGGAATAAACCAGGTAAAATCGAATTTTGCTAAATTTCCTACAATAGATGCGCGTGACGCAACTAAAATCACCTTGCTTTGATAACGTTCTTCAAATTCATTTTTGTCTAAAACAATAGGATTTTTTTGCATTAGATCAAAAATGAGGTAACGATCGGTTTCTTGATCTATTTTCaataaa > 1:849964/1‑251 (MQ=255) aaaaaTTTGCAAAAATATAGAAACGATTAACGTTTCTATAAAAATTTTGCGGTATTTAATTACAGCAGGAATAAACCAGGTAAAATCGAATTTTGCTAAATTTCCTACAATAGATGCGCGTGACGCAACTAAAATCACCTTGCTTTGATAACGTTCTTCAAATTCATTTTTGTCTAAAACAATAGGATTTTTTTGCATTAGATCAAAAATGAGGTAACGATCGGTTTCTTGATCTATTTTCaataaaataa < 1:567909/251‑1 (MQ=255) 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gATCTATTTTCAATAAAATAAAGTGGTCACCATCATCACGCCAAGCCAATACCGGTAAATGTAAAAAAGGTAATCTATCAATTGTTTTGTTCGTAGTTCTTACTTTTAATCCAAGTGATCTTGCTGCAAGCAACCATTTAGTTTGGTTCAGCCCATGCCCATCta > 1:799754/1‑165 (MQ=255) | GTGCAAAAATTTGCAAAAATATAGAAACGATTAACGTTTCTATAAAAATTTTGCGGTATTTAATTACGGCAGGAATAAACCAGGTAAAGTCGAATTTTGCTAAATTTCCTACAATAGATGCGCGTGATGCAATTAAAATCACCTTGCTTTGATAACGTTCTTCAAATTCATTTTTGTCTAAAACAATAGGATTTTTTTGAATTAGATCAAAAATGAGGTAACGATCGGTTTCTTGATCTATTTTTAATAAAATAAAGTGTTCACCATCATCACGCCAAGCCAATGCCGGTAAATGTAAAAAAGGCAATCTGTCAACTGTTTTGTTCGCAGTTCTTACCTTTAATCCAAGTGATTTTGCTGCAAGCAACCATTTAGTTTGGTTCAGCCCATGCCCATCTATATCAAATTTATGTTTTATTTCTTCCGGGTTAATTGAAATATTATGATATTGAGCCAGTACTTCCAATGCCTGA > 1/1978386‑1978858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |