| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,976,931 | T→C | N654D (AAT→GAT) | unknown ← | RTX toxin transporter, ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,976,931 | 0 | T | C | 100.0% | 230.2 / NA | 77 | N654D (AAT→GAT) | unknown | RTX toxin transporter, ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (39/38); total (39/38) | |||||||||||
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1:247416/1‑218 (MQ=255) gCAATGATAAGCACGGTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAgtgt > 1:259418/1‑196 (MQ=255) gCAATGATAAGCACGGTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCAGCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGc < 1:495070/128‑1 (MQ=255) aTGATAAGCACGGTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAGTGTTATAACCTTCTCtt < 1:819584/207‑1 (MQ=255) gATAAGCACGGTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTggcg < 1:587466/147‑4 (MQ=255) gATAAGCACGGTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGCTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAAc > 1:668244/1‑186 (MQ=255) gCACGGTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAGTGTTATAACCTTCTCTTAATTCAGAAATAAAATCGTGCGCGCCCGCAAGTTTTGCCGCGGCAATAAc > 1:30959/1‑250 (MQ=255) cggTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAAc > 1:21905/3‑178 (MQ=255) cggTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAGTGTTATAAc > 1:253348/3‑189 (MQ=255) gTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAGTGTTATAACCTTCTCTTAATTCAGAAATAAAATCGTGCGCGCCCGCAAGTTTTGCCGCGGCAATAACCtttt > 1:802621/1‑250 (MQ=255) gTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAGTGTTATAACCTTCTCTTAATTCAGAAATAAAATCGTGCGCGCCCGCAAGTTTTGCCGCGGCAATAACCtttt > 1:751666/1‑250 (MQ=255) gTACGATCTTGGCAAATTTTGTGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCGTGGGTTATTGACTAATGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGGCGTTGTCCTCCGGACAGACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACAGTGTTATAACCTTCTCTTAATTCAGAAATAAAATCGTGCGCGCCCGCAAGTTTTGCCGCGGCAATAACCtttt > 1:306366/1‑250 (MQ=255) | CGTTTTTATAACGGGAAAGCACATCATACAATGCCAAAAGCCAAGTTTTCATTATCGTTCGTTCCTTTAATTTACTTGTAATTGGTGTAAATAAGAGTAAAGACCTTTTTCATCTTTCAGTAATTCCTGATGCTTGCCTTGTTCGATGATTTCACCTTTGTCCATCACAATAATGCGATCAGCATTTTTTACAGTAGAAAGGCGGTGAGCAATGATAAGCACAGTACGATTTTGGCAAATTTTATGCATATTATGCATAATGATATTTTCAGATTCGTAATCAAGTGCACTGGTTGCT‑‑TCATCAAAAATCAAAATCCTTGGGTTATTGACTAGTGCCCTTGCTATCGCGATCCGTTGACGTTGTCCTCCGGACAAACCGGCTCCCTGTTCCCCCACAACCGTGTTATAACCTTCTCTTAATTCAGAAATAAAATCGTGCGCTCCCGCAAGTTTTGCCGCGGCAATAACCTTTT > 1/1976701‑1977173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |