| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,975,382 | G→A | S457S (AGC→AGT) | unknown ← | RTX toxin transporter, determinant D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,975,382 | 0 | G | A | 100.0% | 127.4 / NA | 45 | S457S (AGC→AGT) | unknown | RTX toxin transporter, determinant D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (26/19); total (26/19) | |||||||||||
GCCCCGAAAACCTACAACGGGCTTTCCACTTGCAGGCGTTCGCAAATGCCGGTAATGCGCTTTCAATTATAAATCCATCATCAAGTCACAGTTTTATACTGCCTAACCAAATCTATTTTCAATTTAGACTTTTGATACATTGTGGAAAACCGGAATGTTATATTCTATCTTTTATAATTAACGTTCTCTTAAACTTTTATCAATAGATTCTTCTAATGGGCTAAGTAGATAGCTTATAACGCTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCGGAAAGTGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATCGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCCGTTAAATAACCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTCGACCTTAATTACAACCTCTTGCCCTTCTTTCACAAAAC > 1/1975142‑1975623 | caccagAAAA‑CTACAACGGGCTTTCGGCTTGCTGGTATTCGCAAATGCAGGTAATACGATTTCAATTATAAATCCATCATCAAGTTACCGTTTTATACTGTCTAACCAAATCCATTTTCAATTTAGACTTTTGATACATTGCGGAAAATCAGAATGTTATATTCTATCTTTTATAATTAACGTTCTCTTAAACTTTTATCAATAGATTCTTCTAATGGGCTGAGTAGATAGCTTATAACACTTCTCATGcc < 1:873801/246‑1 (MQ=255) 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gCTTATAACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTcaac > 1:570023/1‑213 (MQ=255) gCTTATAACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTCAACCTTAATTAcgacgtc > 1:165696/1‑225 (MQ=255) gCTTATAACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTCAACCTTAATTACGACGTCTTGCCCTTCTTTCACaaaa > 1:100005/1‑250 (MQ=255) gCTTATAACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTCAACCTTAATTACGACGTCTTGCCCTTCTTTCACaaaa > 1:249985/1‑250 (MQ=255) cTTATAACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAgggg > 1:562379/1‑204 (MQ=255) cTTATAACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTCAACCTTAATTACGACGTCTTGCCCTTCTTTCACAAAAc > 1:648739/1‑250 (MQ=255) taACACTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCAGAAAGCGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATTGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCTGTTAAGTAGCCATAACGGGTATAgggg < 1:326662/200‑1 (MQ=255) | GCCCCGAAAACCTACAACGGGCTTTCCACTTGCAGGCGTTCGCAAATGCCGGTAATGCGCTTTCAATTATAAATCCATCATCAAGTCACAGTTTTATACTGCCTAACCAAATCTATTTTCAATTTAGACTTTTGATACATTGTGGAAAACCGGAATGTTATATTCTATCTTTTATAATTAACGTTCTCTTAAACTTTTATCAATAGATTCTTCTAATGGGCTAAGTAGATAGCTTATAACGCTTCTCATGCCTGTCTTAATTTCTGCAGTAATTTCCATCCCTGCGGAAAGTGGGATTTCTTTTTCTTCGGTAGAAAGTGTTTTTTTATCCAATTCAATAATCGTATTAAATACAAGTCCAAGCTTTGGATGTTCAATCGCATCTAAAGTAATATTTTTCACTTTTCCCGTTAAATAACCATAACGGGTATAGGGGAAGGCTTCGACCTTAATTACAACCTCTTGCCCTTCTTTCACAAAAC > 1/1975142‑1975623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |