| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,908,830 | G→A | G156R (GGA→AGA) | unknown → | Spermidine/putrescine import ABC transporter permease protein PotC (TC 3.A.1.11.1) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,908,830 | 0 | G | A | 98.9% | 263.3 / NA | 90 | G156R (GGA→AGA) | unknown | Spermidine/putrescine import ABC transporter permease protein PotC (TC 3.A.1.11.1) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/48); minor base C (1/0); total (42/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATCGTTGGCGGCTTAACGGCTATCGCGCTTTATCGTTATCGTTTCCGTGGCAAACAGGCGGTAAGCGGTATGTTGTTTATCGTGATGATGTCGCCGGATATCGTAATGGCGGTATCCTTACTCGCCTTATTTATGGTGGTGGGGATTTCCTTAGGTTTCTGGTCATTGCTTTTGGCACACGTAACTTTTTGTCTGCCTTACGTTACCGTCACCATTTTCTCCCGCTTAAACGGTTTTGACGCCGGAATGCTGGAAGCGGCGAAAGATTTGGGTGCAAGCGAAATCACCATTTTACGTAAAATCATCCTGCCGCTTGCCTTACCGGCGGTGGTG‑TCCGGTTGGTTGTTAAGTTTCACCATTTCACTGGATGACGTTGTGGTGTCCTCCTTTGTGAGCGGTGTCAGCTACGAAATCCTGCCGTTGCGTATCTTCTCCTTGGTGAAAACCGGAGTGACGCCGGAAGTGAATGCCCTTGCAACCATCATGATTG > 1/1908586‑1909076 | cATCGTTGGCGGCTTAACGGCTATCGCGCTTTATCGTTATCGTTTCCGTGGCAAACAGGCGGTAAGCGGTATGTTGTTTATCGTGATGATGTCGCCGGATATCGTAATGGCGGTATCCTTACTCGCCTTATTTATGGTGGTGGGGATTTCCTTAGGTTTCTGGTCATTGCTTTTGGCACACGTAACTTTTTGTCTGCCTTACGTTACCGTCACCATTTTCTCCCGCTTAAACGGTTTTGACGCCAGAATGc < 1:300548/251‑1 (MQ=255) ttGGCGGCTTAACGGCTATCGCGCTTTATCGTTATCGTTTCCGTGGCAAACAGGCGGTAAGCGGTATGTTGTTTATCGTGATGATGTCGCCGGATATCGTAATGGCGGTATCCTTACTCGCCTTATTTATGGTGGTGGGGATTTCCTTAGGTTTCTGGTCATTGCTTTTGGCACACGTAACTTTTTGTCTGCCTTACGTTACCGTCACCATTTTCTCCCGCTTAAACGGTTTTGACGCCAGAATGCTGGa < 1:123183/250‑1 (MQ=255) cggcTTAACGGCTATCGCGCTTTATCGTTATCGTTTCCGTGGCAAACAGGCGGTAAGCGGTATGTTGTTTATCGTGATGATGTCGCCGGATATCGTAATGGCGGTATCCTTACTCGCCTTATTTATGGTGGTGGGGATTTCCTTAGGTTTCTGGTCATTGCTTTTGGCACACGTAACTTTTTGTCTGCCTTACGTTACCGTCACCATTTTCTCCCGCTTAAACGGTTTTGACGCCAGAATGCTGGAAgcgg > 1:764929/1‑251 (MQ=255) aaCGGCTATCGCGCTTTATCGTTATCGTTTCCGTGGCAAACAGGCGGTAAGCGGTATGTTGTTTATCGTGATGATGTCGCCGGATATCGTAATGGCGGTATCCTTACTCGCCTTATTTATGGTGGTGGGGATTTCCTTAGGTTTCTGGTCATTGCTTTTGGCACACGTAACTTTTTGTCTGCCTTACGTTACCGTCACCATTTTCTCCCGCTTAAACGGTTTTGACGCCAGAATGCTGGAAGCGGCGAAAg < 1:767284/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |