| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,879,647 | G→A | A181T (GCG→ACG) | unknown → | Hydrogenase‑4 component E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,879,647 | 0 | G | A | 99.3% | 408.3 / ‑5.3 | 137 | A181T (GCG→ACG) | unknown | Hydrogenase‑4 component E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (63/73); total (63/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CAGTGATTGTTTCATTGTGCTACTTTGTTGTCATCCCGATCGATTTACCGTTGGTAGAACATCTCAAACCGGCGCTTTCCGTGTCCTTAAGTCACTTCTTGCTCGGTTTGGTTTGTATCGTCAGCCAACGTAATATCGTAAAACAAGTGTTCGGTTATTGTTTGATGGAAAACGGTTCTCATCTCACCTTAGCCTTATTAGCGAATAAAGCACCAGAATTAGTGGAAATCGGAATTGCCACCGATGCGATATTTGCGGTCATCATAATGGTGGTGCTGGTCAATAAAATTTACCGCACGTTCCATTCATTAGATGCAAAACAACTTATGAGTTTGAAGGGGTAACGCTATGTATGAACAATGGATAATCGCGTTATTGACCGCACCTTTAGCCGTGGCTTTGGCATGCTTTGCCTGTCGCTCGACAAAAAATCGGACAATTTGCACAGCACTTCATGTAACAGGCTTAATCTTGATGGTGGGATT > 1/1879402‑1879886 | cagTGATTGTTTCATTGTGCTACTTTGTTGTCATCCCGATCGATTTACCGTTGGTAGAACATCTCAAACCGGCGCTTTCCGTGTCCTTAAGTCACTTCTTGCTCGGTTTGGTTTGTATCGTCAGCCAACGTAATATCGTAAAACAAGTGTTCGGTTATTGTTTGATGGAAAACGGTTCTCATCTCACCTTAGCCTTATTAGCGAATAAAGCACCAGAATTAGTGGAAATCGGAATTGCCACCGATACGa < 1:549125/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |