| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,875,288 | T→G | A215A (GCT→GCG) | unknown → | Hydrogenase‑4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,875,288 | 0 | T | G | 99.2% | 372.1 / NA | 129 | A215A (GCT→GCG) | unknown | Hydrogenase‑4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (61/67); minor base A (0/1); total (61/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CGTTCTACTTCCTGGTCTTTTTTGAAATGATGTCGTTGGCGTCTTATTTCCTTGTGTTGACGGAACAAGACGACAACGCGGTGAATGCCGGTTTATTGTATTTCTTCATTGCTCATGCCGGTTCCGTATTAATTATGATCGCCTTCTTCATTTTCTACTGCTATGCAGGCAGTTTTGAATTCGGCGATTTCCGTCAAACCACTCTTTCCGAACCTCTTGCGTTTACCGTGTTTATTTTGGCTCTCCTCGGTTTCGGTGCGAAAGCGGGGATGATTCCGTTACACAGCTGGTTACCGAAAGCCCACCCGGCGGCACCTTCTCATGCGTCCGCCTTAATGTCCGGCGTGATGGTGAAAATCGGTATTTTCGGGATCGTGAAAGTGGGGATCGATCTGTTAGGTGCCACCAATATGTGGTACGGCGTGATTGTGTTAGGCTTCGGTGCGGTGTCTTCGGTGCTTGGCGTACTTTACGCCCTTGCCGAACAT > 1/1875047‑1875534 | cGTTCTACTTCCTGGTCTTTTTTGAAATGATGTCGTTGGCGTCTTATTTCCTTGTGTTGACGGAACAAGACGACAACGCGGTGAATGCCGGTTTATTGTATTTCTTCATTGCTCATGCCGGTTCCGTATTAATTATGATCGCCTTCTTCATTTTCTACTGCTATGCAGGCAGTTTTGAATTCGGCGATTTCCGTCAAACCACTCTTTCCGAACCTCTTGCGTTTACCGTGTTTATTTTGGCGCTCCTCGGt < 1:67532/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |