| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,833,381 | A→G | L14S (TTG→TCG) | unknown ← | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase (EC 4.2.1.46) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,833,381 | 0 | A | G | 98.2% | 127.6 / NA | 55 | L14S (TTG→TCG) | unknown | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase (EC 4.2.1.46) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (31/23); total (31/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
GTGCGTCAATCGACCGATCCACATGGCTTTCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCAAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCAACATAAGCAAAAATTTCATCCGTATCCAAAGACATTTCCTGTTCAATTTTAACGATATAAAAACTTTCTTTGTCTTCCTCGTCAGAAG > 1/1833145‑1833621 | gTGCGTCAATCGACCGATCCACATGGCTTTCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCg > 1:69477/1‑251 (MQ=255)gTGCGTCAATCGACCGATCCACATGGCTTTCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCATAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCg > 1:440309/1‑251 (MQ=255) ccACATGGCTTTCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATgaga > 1:545436/1‑251 (MQ=255) gCTTTCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCa > 1:629606/1‑251 (MQ=255) ttttCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTAAAAATGATAACGCGGATGGTTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTAAATCAGCCCCCAAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCAt < 1:872195/250‑1 (MQ=255) ccAAATGGATGCCGGCATAAGGACGATATGGCGACAATATAGGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTTTGTTCAAAAAAATACCGCGGTTGGGTTTCTACGCTGTAAAAAGCACATAAATTCCCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑AGATGTCGTGCTCAGTATGTTAAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGACCCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa < 1:108515/251‑1 (MQ=255) ccAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGAAAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa < 1:542194/251‑1 (MQ=255) caaaaTGGATGACGCCTTCAGGACGATATTGCAACAATATATGCGCCATCTTTTGTCAATCGAAAATATCCGTCTTTTAAAAATGATAACGCGGATGGTTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAATTTCCGGGCGTAGTAAAGCTTGTCAAC‑TTAATTGTTGTCGTCCTCAATGTATTGAATCAGCCACC‑AATACAAGGCCGAACCGATAAAGCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa < 1:176875/249‑1 (MQ=255) gATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa > 1:336074/1‑244 (MQ=255) gATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTtat > 1:32057/1‑251 (MQ=255) ggCATCAGGACGATATTGCGAAAATATATGCGCCATCTTTTGTCCATCGCAAATACCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGTTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAg < 1:306582/250‑1 (MQ=255) atatTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCtt > 1:212183/1‑251 (MQ=255) atatTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCtt > 1:12928/1‑251 (MQ=255) atatTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCtt > 1:555179/1‑251 (MQ=255) cGACAATATATGCGCCATCTTTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATACCGCGGATGGGTTTCTCCGCTGTACAAAGCACATAAATTCCCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTAAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa < 1:141012/220‑1 (MQ=255) aaTATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGAtt > 1:855973/1‑251 (MQ=255) atatatGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTAAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTCCCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCAt < 1:347919/205‑1 (MQ=255) atatGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAAt > 1:656346/1‑251 (MQ=255) atGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCAccgc < 1:265390/182‑1 (MQ=255) tcatTTGTCCATCGAAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGTTTTCTACGCTGTACAAAGCACAAAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCActc < 1:262741/251‑1 (MQ=255) catTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCAc > 1:401104/1‑170 (MQ=255) gTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATgaga > 1:573058/1‑179 (MQ=255) aaaaTATCCGTCTGTTAAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCAAATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTAAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCAAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACata < 1:343447/250‑1 (MQ=255) aaaTATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTCCCGGCGTAGGTAAGCTTGTAAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACatat < 1:76294/251‑1 (MQ=255) cAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACatat < 1:99306/236‑1 (MQ=255) aTGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCg > 1:430517/1‑251 (MQ=255) ggTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAAc < 1:369687/250‑1 (MQ=255) tttCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTCCCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa < 1:177737/152‑1 (MQ=255) tttCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCaaa > 1:465534/1‑247 (MQ=255) ccGCTGTAAAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCAAc < 1:263448/250‑1 (MQ=255) aCGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCTTAGGTAAACTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTAAATCAGCCCCCGAAT‑CAAGCCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCAAc < 1:107966/251‑1 (MQ=255) aCGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCaa > 1:408689/1‑250 (MQ=255) ctatACAAAGCAAATAAATTCCCGGCGTGGGTAAGTTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCATTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCAATAAAACCGGCTCCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCAACAt < 1:118557/247‑1 (MQ=255) ttACAAAGCACATAAATTCCCGGCTTAGGTAAGCTTGTCACCATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGCCCGACCCGATAAACCCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTa < 1:190991/141‑1 (MQ=255) gTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTAAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCAc < 1:437380/209‑1 (MQ=255) 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1:250917/1‑106 (MQ=255) aGGCCGAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCAACATAAGCAAAAATTTCATCCGTATCCAAAGACATTTCCTGTTc > 1:499335/1‑202 (MQ=255) | GTGCGTCAATCGACCGATCCACATGGCTTTCGGCTGCCAAATGGATGACGGCATCAGGACGATATTGCGACAATATATGCGCCATCATTTGTCCATCGCAAATATCCGTCTGTTCAAAATGATAACGCGGATGGGTTTCTACGCTGTACAAAGCACATAAATTACCGGCGTAGGTAAGCTTGTCAACATTAA‑TGATGTCGTGCTCAGTATGTTGAATCAGCCACCGAAT‑CAAGGCCAAACCGATAAAACCGGCACCGCCGGTAATGAGAAATTGCATAGATTACTTATTGTTATAAAAGGATTAATTCGCTTTCACCTGATTAATCGTGTCACTCTCCCAGCCCACATATTCACCGGAAAATTTTTCCGCCAAACGCTCAAACTGTTCAACATAAGCAAAAATTTCATCCGTATCCAAAGACATTTCCTGTTCAATTTTAACGATATAAAAACTTTCTTTGTCTTCCTCGTCAGAAG > 1/1833145‑1833621 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |