| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,775,854 | G→A | G610G (GGC→GGT) | unknown ← | Type III restriction‑modification enzyme helicase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,775,854 | 0 | G | A | 98.7% | 204.9 / NA | 74 | G610G (GGC→GGT) | unknown | Type III restriction‑modification enzyme helicase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/38); minor base T (0/1); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAAATAACTGTGCAAATGCGCCACCATCTGTCCTGCCAAATCGTAAAGCAAATCGGCTTGGGTCAGATAATCAATATCTTCAAAATCAATCAGCGCAAAGACGATATAGTCTTCGGGGCGTTTTTCCTTCAAACCCAATTCGGCAGAAAGGCTGCTTTGCTCGTTGGTATGCAGATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAGCCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGACGGGCGGAATATTTGGC > 1/1775607‑1776093 | aCAAATAACTGTGCAAATGCGCCACCATCTGTCCTGCCAAATCGTAAAGCAAATCGGCTTGGGTCAGATAATCAATATCTTCAAAATCAATCAGCGCAAAGACGATATAGTCTTCGGGGCGTTTTTCCTTCAAACCCAATTCGGCAGAAAGGCTGCTTTGCTCGTTGGTATGCAGATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCg > 1:236393/1‑251 (MQ=255) 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1:398525/1‑251 (MQ=255) gTATGCAGATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGAtttt > 1:61126/1‑251 (MQ=255) cAGATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTgg > 1:13713/1‑250 (MQ=255) gATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGa > 1:697675/1‑227 (MQ=255) gATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCgg > 1:830925/1‑251 (MQ=255) aaTGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCAt < 1:809520/251‑1 (MQ=255) tttCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCCGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAAt > 1:91361/1‑251 (MQ=255) tCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATaa < 1:658466/251‑1 (MQ=255) cgTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGc < 1:409371/251‑1 (MQ=255) cccGGTTGCAGGTGCGGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCGCCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTgaga < 1:3065/251‑1 (MQ=255) cccGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCcagc < 1:188041/168‑1 (MQ=255) ggTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAgcg > 1:238017/1‑249 (MQ=255) gTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCcagc < 1:620783/157‑1 (MQ=255) ccgACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGAc < 1:770761/250‑1 (MQ=255) ccgACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGAc < 1:35139/250‑1 (MQ=255) cATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTcc > 1:115654/1‑182 (MQ=255) cATCCAGTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATaa > 1:156049/1‑217 (MQ=255) gTTTAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGACGGGCGGAatat > 1:342943/1‑251 (MQ=255) tttAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGACGGGCGGAatat < 1:119666/250‑1 (MQ=255) tttAAACGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGACGGGCGGAatat < 1:520353/250‑1 (MQ=255) aaCGGGTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGACGGGCGGAATATTTggc < 1:761621/251‑1 (MQ=255) ggTGAAAACCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATcc < 1:349575/110‑1 (MQ=255) | ACAAATAACTGTGCAAATGCGCCACCATCTGTCCTGCCAAATCGTAAAGCAAATCGGCTTGGGTCAGATAATCAATATCTTCAAAATCAATCAGCGCAAAGACGATATAGTCTTCGGGGCGTTTTTCCTTCAAACCCAATTCGGCAGAAAGGCTGCTTTGCTCGTTGGTATGCAGATTGTGAATGGTGATTTCGCGTACGCCCGGTTGCAGGTGCAGACCGCCGACATCCAGTTTAAACGGGTGAAAGCCGCTGCTGACTTCGCCGCTTGGCACAACGGTAATGCGCGGAATATCGATGGTTTGCGCCGCCATGATTTCTGTCGTTTTGGCGACAATTTGTGCCATATCCACCTCATGATCCGCCAGCAGTTCGCCTTGCATCGGTTGCAAGGTCGTCTGAACTTCCTTGATGATTTTTTGGCGGATTTCATCGCTCAATAACGCTTGAGAAGTCAGCGCTTCGCTTGGACGGGCGGAATATTTGGC > 1/1775607‑1776093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |