| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,690,089 | G→A | V347M (GTG→ATG) | unknown → | Fe2+ ABC transporter, permease protein 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,690,089 | 0 | G | A | 98.1% | 127.4 / NA | 52 | V347M (GTG→ATG) | unknown | Fe2+ ABC transporter, permease protein 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (32/19); total (32/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTCTCATCGCCATCGTGGGCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAGTGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAGACATTAATATTCAAATTGCCGAAGGGGAATTTGTTGCCATCATGGGCGCTTCCGGCTCGGGGAAAACCACCTTAATGAACATTCTCACCGGCTTGGAC > 1/1689846‑1690332 | acTCTCATCGCCATCGTGGGCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGtt > 1:664460/1‑251 (MQ=255)acTCTCATCGCCATCGTGGGCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGtt > 1:391954/1‑251 (MQ=255) ctctCATCGCCATCGTGGGCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGttt > 1:815354/1‑251 (MQ=255) cATCGCCATCGTGGGCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCg > 1:899857/1‑251 (MQ=255) ggCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTAc < 1:524989/250‑1 (MQ=255) aaCGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGAcc < 1:577338/251‑1 (MQ=255) cGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACccg > 1:392131/1‑251 (MQ=255) 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tcatcaAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATgg > 1:472284/1‑250 (MQ=255) caaacaaaTCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTaaa > 1:588043/1‑251 (MQ=255) aacaaaTCGGCGAGGAACCCTAATTTACCGCCGTATGCGCGATCACCAGCGGTTTAATTATCGTTTATTTACGGGCGCAGGTCCT‑GGGTTAACCCGTCTCCAAACCCTACACCGACATGCGCCTGCGGGTGTTGCCGACCCCCATCGGTTTATCCTTATTAAGGGCTTTTATCGCAGTTATCGTCCCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAAc < 1:11922/251‑1 (MQ=255) 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aTTATCGCCGTATGCGCGATCATCGGCGGCTTAATTATCGTTTATTTCCGGGCGCAAGTCCTGGGCTTAC‑CCGTCTTCAAAGCCTCCACCGACAGGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCCCCACCGGTTTATCCTTATAAAGGGCGTTTACCGAAGTTATCGTCCCGCCCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAAc < 1:776482/217‑1 (MQ=255) ccGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTCCTCGGTTTAC‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCCCCATCGGTTTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTCCCGCCCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCg < 1:761608/223‑1 (MQ=255) ccGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGAc > 1:629364/1‑176 (MQ=255) ccGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGAc > 1:560225/1‑176 (MQ=255) 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atcatcAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAg > 1:712312/1‑251 (MQ=255) gCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCa > 1:717890/1‑249 (MQ=255) tAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCggg > 1:389064/1‑234 (MQ=255) cccggtttacccGTTTTCAAACCCTACATCGACTTGCCCCTGCGGGTGTTGCCGATCCCCATCGGTTTATCCTTATTAAGGGCTTTTATCGCAGTTATCGTCCCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAGACATTAATATTCAAATTGCCGAAgggg < 1:166866/241‑1 (MQ=255) cGGCTTAA‑CCGTCTTTAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTAc > 1:607358/1‑101 (MQ=255) gCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCg < 1:449869/101‑1 (MQ=255) tCTTCAAAGCCTACATCGACAGGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCCCCATCGGATTATCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTCCCGCCCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAAc < 1:291218/155‑1 (MQ=255) tttCAAAGCCTACATCGACTTGCCCCTCCCGGTGTTCCCGATCCCCATCGGTTTATCTTTATTAATGGCGTTTATCGCATTGATCGTACCGCCCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATAAAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAGACATTAATATTCAAATTGCCGAAGGGGAATTTGTTGCcatc < 1:423796/250‑1 (MQ=255) 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aTCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAGACATTAATATTc > 1:787930/1‑168 (MQ=255) aTCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGCGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATaaaac > 1:18140/1‑129 (MQ=255) tCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATaa > 1:463792/1‑87 (MQ=255) tCCTTATTAATGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAg > 1:12131/1‑155 (MQ=255) tttataaGTGGCGTTTATCGCTGTTTGCGTCCCGCCCCGCAGCGCATTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAGACATTAATATTCAAATTGCCGAAGGGGAATTTGTTGCCATCATGGGCGCTTCCGGCTCGGGGAAAACCACCTTAATGAACATTCTCACCGGCTTGGac < 1:509357/250‑1 (MQ=255) | ACTCTCATCGCCATCGTGGGCGAACGGGCAAAAGAATTCGCGTTGCAAAAAGCCCTCGGCGCGAAAAGCCGGGACATCATCAAACAAATCGGCGAGGAAACCTTAATTATCGCCGTATGCGCGATCATCAGCGGCTTAATTATCGGTTATTTACTGGCGCAAGTACTCGGCTTAA‑CCGTCTTCAAAGCCTACATCGACATGCGCCTGCCGGTGTTGCCGATCACCATCGGATTATCCTTATTAGTGGCGTTTATCGCAGTTATCGTACCGACCCGCCGCGCCTTAGACATTCAAACCGCCAATGTGTTAAAAGGGGAATAACATGGCTAAAACCGTGATTGAAACACAGCATTTATATAAAAGATTCGGGCAAGTGACCGCACTTGAAGACATTAATATTCAAATTGCCGAAGGGGAATTTGTTGCCATCATGGGCGCTTCCGGCTCGGGGAAAACCACCTTAATGAACATTCTCACCGGCTTGGAC > 1/1689846‑1690332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |