| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,639,716 | G→T | L91L (CTG→CTT) | unknown → | TRAP‑type C4‑dicarboxylate transport system, small permease component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,639,716 | 0 | G | T | 99.0% | 286.1 / NA | 100 | L91L (CTG→CTT) | unknown | TRAP‑type C4‑dicarboxylate transport system, small permease component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (48/51); total (48/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCAACACTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTGATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAACTCGTTATAGATACGGTAAATAACGGACAGATATCACCAGTGATAGGCATTCAAATGGGGCTTGTTTATCTGGCAATTCCACTAAGCGGAGGCTTTATGCTCCTTTACCTTCTCAGAGATATCATTAATAACATCCACAACATGAATGCAGCTCACCAAGGAGAATAAAATGGAATGGTCAAATA > 1/1639478‑1639961 | tATCAACACTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAGCACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCtt > 1:428988/1‑251 (MQ=255)tATCAACACTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAGCACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATAATTAACCtt > 1:445430/1‑251 (MQ=255)tATCAACACTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAAcc < 1:879292/249‑1 (MQ=255) aTCAACACTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTa > 1:85450/1‑251 (MQ=255) aTCAACACTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTa > 1:179414/1‑251 (MQ=255) acacTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAg < 1:402022/251‑1 (MQ=255) acTCTGTGTTGCATTAAGTTCATTTTTAGTTATCTGTGTAGTTTGGCAAGTCTTATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCt < 1:690400/243‑1 (MQ=255) 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tATCTCGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAACTCGTTATAGAt < 1:893529/251‑1 (MQ=255) tctcGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAAc < 1:813540/238‑1 (MQ=255) cGCTATATTCTTAACACACCAAGTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAACTCGTTATAGATACGGt > 1:518821/1‑251 (MQ=255) 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1:811133/1‑191 (MQ=255) gTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAACTCGTTATAGATACGGTAAATAACGGACAGATATCACCa > 1:271462/1‑251 (MQ=255) gTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAACTCGTTATAGATACGGTAAATAACGGACAGATATCACCa > 1:192948/1‑251 (MQ=255) gTACTTACACTGATGAGATCGCGCGCTTTCTCTTTATTTGGGTAGGATTAATGGGGGCCGCCTATGCATTAGGTCGGAAGAAACACCTTGCCATTGATCTTTTAGTCAACAAATTTGAAAATTCTCCAATTAATCAAAATCGCTTACAACTTATCATTAACCTTATCAGTGTCTCATTTGCAGCCGTTATTATGTGCTATGGTGGATTTAAACTCGTTATAGATACGGTAAATAACGGACAGATATCACCa > 1:368181/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |