| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,638,977 | G→A | intergenic (‑5/+20) | unknown ← / ← unknown | TRAP‑type C4‑dicarboxylate transport system, periplasmic component/TRAP‑type C4‑dicarboxylate transport system, periplasmic component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,638,977 | 0 | G | A | 100.0% | 239.9 / NA | 84 | intergenic (‑5/+20) | unknown/unknown | TRAP‑type C4‑dicarboxylate transport system, periplasmic component/TRAP‑type C4‑dicarboxylate transport system, periplasmic component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (38/46); total (38/46) | |||||||||||
ACCTTTGAGGTCCGCAGGCGATTTAATTGCCTTACCCGCATAGAAACTACGCGCACCACCATCATAATAAGTCAACCCAATGAAACCTTTGCCCTTTGATGAATCAAGAATTTTTTGCCCAACTTCAGGATCAAGTAGAGCACGATAATAATGATCAACATTATGGAAAAGATACGGAATATTGTATGCACCATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTGGTGACCCGGATTGCAATAATTACATTGATTCACGCTGGCTACCAAGCTGGCTATTTGGGTAAATTCGGATCACCACTTCACCATTTGTTAATTTTTTAACTTCATCTGCCATATATTGCATCGAAATATGCACAGGGTGAGTTTTGTCATTATTATGACTTAATTTTAGTACGGTTTTAGCAGAAGCTGAGAACG > 1/1638733‑1639172 | aCCTTTGAGGTCCGCAGGCGATTTAATTGCCTTACCCGCATAGAAACTACGCGCACCACCATCATAATAAGTCAACCCAATGAAACCTTTGCCCTTTGATGAATCAAGAATTTTTTGCCCAACTTCAGGATCAAGTAGAGCACGATAATAATGATCAACATTATGGAAAAGATACGGAATATTGTATGCACCATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTAGTGAcc < 1:57504/251‑1 (MQ=255) cTTACCCGCATAGAAACTACGCGCACCACCATCATAATAAGTCAACCCAATGAAACCTTTGCCCTTTGATGAATCAAGAATTTTTTGCCCAACTTCAGGATCAAGTAGAGCACGATAATAATGATCAACATTATGGAAAAGATACGGAATATTGTATGCACCATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTAGTGACCCGGATTGCAATAATTCCATTGATTCACGCt < 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ccATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTAGTGACCCGGATTGCAATAATTCCATTGATTCACGCTGGCTACCAAGCTGGCTATTTGGGTAAATTCGGATCACCACTTCACCATTTGTTAATTTTTTAACTTCATCTGCCatatat < 1:671899/171‑1 (MQ=255) ccATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTAGTGACCCGGATTGCAATAATTCCATTGATTCACGCTGGCTACCAAGCTGGCTATTTGGGTAAATTCGGATCACCACTTCACCATTTGTTAATTTTTTAACTTCATCTGCCATATATTGCAt < 1:644176/176‑1 (MQ=255) ccATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTAGTGACCCGGATTGCAATAATTCCATTGATTCACGCTGGCTACCAAGCTGGCTATTTGGGTAAATTCGGATCACCACTTCACCATTTGTTAATTTTTTAACTTCATCTGCCATATATTGCATCGAAATATGcac > 1:793640/1‑188 (MQ=255) ccATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTAGTGACCCGGATTGCAATAATTCCATTGATTCACGCTGGCTACCAAGCTGGCTATTTGGGTAAATTCGGATCACCACTTCACCATTTGTTAATTTTTTAACTTCATCTGCCATATATTGCATCGAAATATGcac < 1:329068/188‑1 (MQ=255) 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1:553928/1‑122 (MQ=255) | ACCTTTGAGGTCCGCAGGCGATTTAATTGCCTTACCCGCATAGAAACTACGCGCACCACCATCATAATAAGTCAACCCAATGAAACCTTTGCCCTTTGATGAATCAAGAATTTTTTGCCCAACTTCAGGATCAAGTAGAGCACGATAATAATGATCAACATTATGGAAAAGATACGGAATATTGTATGCACCATAAGATGGCTCAAATGCTTCTAATTCACTTGCGTTTGATTTTGCCATATCTGGTGACCCGGATTGCAATAATTACATTGATTCACGCTGGCTACCAAGCTGGCTATTTGGGTAAATTCGGATCACCACTTCACCATTTGTTAATTTTTTAACTTCATCTGCCATATATTGCATCGAAATATGCACAGGGTGAGTTTTGTCATTATTATGACTTAATTTTAGTACGGTTTTAGCAGAAGCTGAGAACG > 1/1638733‑1639172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |