| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,568,502 | G→T | intergenic (‑52/‑389) | unknown ← / → unknown | hypothetical protein/Na+/H+ antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,568,502 | 0 | G | T | 100.0% | 41.2 / NA | 16 | intergenic (‑52/‑389) | unknown/unknown | hypothetical protein/Na+/H+ antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (6/10); total (6/10) | |||||||||||
TCTTTATATTTGGCAATACGTTCTTGTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTAGCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATCTAAATTTTATTTAATGATTGGTTTTTCTCATTTTTTATTGTAATCTTTAGCTCATCCTACTTGTGTAGAGGTGCAAACGTTATAAGTATATTTTC > 1/1568263‑1568660 | tCTTTATATTTGGCAATACGTTCTTTTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAAt > 1:458312/1‑251 (MQ=255)tCTTTATATTTGGCAATACGTTCTTTTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAAt > 1:499051/1‑251 (MQ=255) atTTGGCAATACGTTCTTTTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCcac < 1:251114/251‑1 (MQ=255) aTACGTTCTTTTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTaa < 1:880271/251‑1 (MQ=255) ttCTTTTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATAc < 1:559548/250‑1 (MQ=255) cttttCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCAt < 1:278018/247‑1 (MQ=255) aaTTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATc < 1:857139/219‑1 (MQ=255) ttttCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATCTAAATTTTATTTAATGATTGGTTTTTCTCATTTTTTATTGt < 1:875241/251‑1 (MQ=255) aaGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCAttt > 1:572965/1‑165 (MQ=255) aCCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATa < 1:102644/123‑1 (MQ=255) aaGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATCTAAATTTTATTTAATGATTGGTTTTTCTCATTTTTTATTGTAATCTTTAGCTCATCCTACTTGTGTAGAGGTGCAAACGTTATAAGTATATTTTc < 1:369639/251‑1 (MQ=255) cTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATCTAAATTTTATTTAATGATTGGTTTTTCTCATTTTTTATTGTAATCTTTAGCTCATCCTACTtg > 1:557189/1‑216 (MQ=255) caATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATa < 1:661964/53‑1 (MQ=255) caATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATCTAAATTTTATTTAATGATTGGTTTTTCTCATTTTTTATTGTAATCTTTAGCTCATCCTACTTGTGTAGAGGTGCAAACGTTATAAGTatat > 1:343716/1‑186 (MQ=255) aattaaTATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATAc < 1:455637/56‑1 (MQ=255) ttaaTATACACGAAGCTAGGCTATCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATAc > 1:839680/1‑54 (MQ=255) | TCTTTATATTTGGCAATACGTTCTTGTCGCTCGTTTTCTTCTTGCTGAGCCTTTAAAATCTCTTCTTTCTTTTCCGTAACGACTAATTGCAATTTTTCCAAAATACTTTCAAGCTGTTCTAATGCTAAATCACGCGCGACCATACGCAAGCTACGAATATTCGTTAATATTTTTAATACATCGGACATTAAATTTTCTCCTCTAGACACAATTAAATTAATATACACGAAGCTAGGCTAGCATAAACAAATTACCCACATAGGTAAATACCATTTTTAATTAAATTAGTTCAACCATTTTATCTAAATTTTATTTAATGATTGGTTTTTCTCATTTTTTATTGTAATCTTTAGCTCATCCTACTTGTGTAGAGGTGCAAACGTTATAAGTATATTTTC > 1/1568263‑1568660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |