| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,495,901 | C→T | H8Y (CAC→TAC) | unknown → | Antitoxin HigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,495,901 | 0 | C | T | 99.1% | 316.1 / NA | 105 | H8Y (CAC→TAC) | unknown | Antitoxin HigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (54/50); minor base A (0/1); total (54/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AATTCAAGCCAAACACGCCAAGAAATTAAATCTGCAATTGGCCACATTAAATAATGCGGAAACGCCTCTTGCTATGAGTGTTCCCAGCTGGAATTTGCACAAACTTAAAGGTGATTTGCAAGAGCATTGGGCAGTTACCGTAAACGGAAATTGGCGCTTAACATTTAAATTTGAAAATGGTCATGCTGAAGTTGTTGATTATC‑AGGATTATCATTAAGGAGAAAAAATGAGAATGCACAATCCTCCACACCCGGGAGAACTGTTAAAAGAATATATTGATGGCGTGAGTGTCACGAAGGTTGCCCAAAAATTAGGTGTTTCGCGTGTTACGCTTTCCCGCATTCTTAATGGGAAAGCAAGTATAACGCCTGAAATGGCTGTGCGATTAAGCGAATTATTGAATACCACAACACCGAAATTATGGCTGGGTATGCAAGCAGACTACGATTTATGGCAAATTGAACAACAACACGCCGTATTCAACATCCAACCAT > 1/1495654‑1496147 | aaTTCAAGCCAAACACGCCAAGAAATTAAATCTGCAATTGGCCACATTAAATAATGCGGAAACGCCTCTTGCTATGAGTGTTCCCAGCTGGAATTTGCACAAACTTAAAGGTGATTTGCAAGAGCATTGGGCAGTTACCGTAAACGGAAATTGGCGCTTAACATTTAAATTTGAAAATGGTCATGCTGAAGTTGTTGATTATC‑AGGATTATCATTAAGGAGAAAAAATGAGAATGCACAATCCTCCATAcc < 1:218096/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |