| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,385,245 | C→A | S251Y (TCC→TAC) | unknown → | Outer membrane protein A precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,385,245 | 0 | C | A | 98.2% | 155.4 / NA | 56 | S251Y (TCC→TAC) | unknown | Outer membrane protein A precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (27/28); minor base G (0/1); total (27/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCCAAAGCGCAGGAAGTGAAAGTTGCCGGTTATACCGACCGTTTAGGTTCCAAAGTGTATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTCCGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCGTGGAAGCGGCTGCTGAAGTTAAGCAAATGATAAAGCTGATACACGAT > 1/1385000‑1385490 | aTCCAAAGCGCAGGAAGTGAAAGTTGCCGGTTATACCGACCGTTTAGGTTCCAAAGTGTATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTa > 1:481527/1‑251 (MQ=255) ccAAAGCGCAGGAAGTGAAAGTTGCCGGTTATACCGACCGTTTAGGTTCCAAAGTGTATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATc < 1:276160/251‑1 (MQ=255) aaGTGAAAGTTGCCGGTTATACCGACCGTTTAGGTTCCAAAGTGTATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGAt < 1:227602/251‑1 (MQ=255) gTTCCAAAGTGTATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCa > 1:84629/1‑251 (MQ=255) gtgtATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAg > 1:875758/1‑223 (MQ=255) gtATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCacac > 1:13005/1‑200 (MQ=255) gtATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTta < 1:81073/250‑1 (MQ=255) tataACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTtat < 1:222965/250‑1 (MQ=255) ataACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTatat < 1:23712/251‑1 (MQ=255) ataACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTatat < 1:364953/251‑1 (MQ=255) 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gtTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAg > 1:42075/1‑169 (MQ=255) ccGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑aaag > 1:870221/1‑239 (MQ=255) ccGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGCTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAAt > 1:769457/1‑251 (MQ=255) aGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAgaga < 1:492057/217‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAg > 1:524788/1‑251 (MQ=255) ttAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTGCGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGAcc < 1:65802/163‑1 (MQ=255) ttGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCAt < 1:160968/248‑1 (MQ=255) 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cGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCaa > 1:858894/1‑251 (MQ=255) cGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCaa > 1:815844/1‑251 (MQ=255) gAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAA‑AAGGTGGCGGCGGAATTGGACCAACTCCGGTATAACAAAAAAAATGGTTAAATTAAGGATATAAAAGAAA‑GGCCAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGGTGGTCTTATTGGTTTTCATAGCGGTGCCACAcat > 1:470164/1‑251 (MQ=255) 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ccTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTgg < 1:399990/251‑1 (MQ=255) gTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCaa > 1:652696/1‑251 (MQ=255) aTGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCAt < 1:15120/209‑1 (MQ=255) tGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTtat < 1:632400/125‑1 (MQ=255) tGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCca > 1:791596/1‑250 (MQ=255) gTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑aaag < 1:738849/157‑1 (MQ=255) ccAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCg < 1:824575/249‑1 (MQ=255) ccAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCg < 1:619313/249‑1 (MQ=255) cAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAaataa < 1:388488/123‑1 (MQ=255) gctgctTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACAcat < 1:400597/200‑1 (MQ=255) cGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTttgtg > 1:749565/1‑157 (MQ=255) cGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCa < 1:214072/198‑1 (MQ=255) ccAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCGTGGAAGCGGCTGCTGAAGTTAAGc < 1:771886/251‑1 (MQ=255) aaaCCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCGACTc > 1:735161/1‑83 (MQ=255) gtgtTGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCGTGGAAGCGGCTGCTGAAGTTAAGCAAATGATaaa > 1:732450/1‑251 (MQ=255) ttGAAATTTCCTCTTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCGTGGAAGCGGCTGCTGAAGTTAAGCAAATGATAAAGc < 1:731962/250‑1 (MQ=255) ctctTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATg > 1:194701/1‑114 (MQ=255) ctctTACGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCGTGGAAGCGGCTGCTGAAGTTAAGCAAATGATAAAGCTGATACACGAt < 1:738998/251‑1 (MQ=255) | ATCCAAAGCGCAGGAAGTGAAAGTTGCCGGTTATACCGACCGTTTAGGTTCCAAAGTGTATAACATGGATCTTTCCCAGCGTCGTGCAGATCGTGTTAAAAACCGTTTAATTGAACAAGGTATTGATGTTCAAATTAATGCAGTTGGTTACGGTGAAGCTCACCAAGTTCAAGCCTGTAACAATGTTAAATCCAGCCAATTAATCAGCTGCTTGCGTCCAAACCGTCGTGTTGAAATTTCCTCTTCCGGTATCACACCAAAAGATGAAAGTAAACAAGTTGGCGGCGAAATAGGACCAACTCCGTTATATCAAAAATAATGGTTAAATCAGAGATAT‑AAAGAAAGGGCTAAATGCCCTTTCTTTTTTTGTGTTGTGCTTATAGATTTTCATAGCGTTGCAACACATCATGCACCCATTTATTGGCAAGTGCCACATAATTGCCGTGGAAGCGGCTGCTGAAGTTAAGCAAATGATAAAGCTGATACACGAT > 1/1385000‑1385490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |