| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,303,238 | T→G | D476E (GAT→GAG) | unknown → | Type III restriction‑modification system methylation subunit (EC 2.1.1.72) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,303,238 | 0 | T | G | 100.0% | 99.7 / NA | 33 | D476E (GAT→GAG) | unknown | Type III restriction‑modification system methylation subunit (EC 2.1.1.72) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (17/16); total (17/16) | |||||||||||
TTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGATAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTAACCTCAACCTTGAAGATAACGGCAATCG > 1/1303052‑1303480 | ttATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAAt < 1:900831/251‑1 (MQ=255) gaTACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGaa > 1:464517/1‑251 (MQ=255) gTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCAt > 1:415092/1‑173 (MQ=255) aaGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATcc < 1:618057/251‑1 (MQ=255) tattaAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCaaa > 1:874207/1‑250 (MQ=255) aaCCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCt < 1:777634/188‑1 (MQ=255) aaCCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGAt < 1:392031/203‑1 (MQ=255) aaCCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATcc > 1:761788/1‑241 (MQ=255) aaCCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGtt > 1:567440/1‑251 (MQ=255) gtgtTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGAt > 1:747588/1‑195 (MQ=255) atatTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAAt < 1:237929/247‑1 (MQ=255) tatTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGa > 1:805109/1‑251 (MQ=255) tGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGt < 1:597261/251‑1 (MQ=255) ggATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGc < 1:60044/147‑1 (MQ=255) atTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGaa < 1:262361/94‑1 (MQ=255) ttCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGaa < 1:270529/93‑1 (MQ=255) atcaaGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGAt > 1:206981/1‑147 (MQ=255) atcaaGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGt > 1:681892/1‑154 (MQ=255) gTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGAt > 1:178318/1‑140 (MQ=255) gAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTc > 1:902058/1‑237 (MQ=255) gTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGt < 1:235274/246‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCgg > 1:22961/1‑250 (MQ=255) attCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGaa < 1:421431/65‑1 (MQ=255) attCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCt < 1:425490/108‑1 (MQ=255) attCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACaa > 1:675747/1‑250 (MQ=255) ccAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGttt > 1:73626/1‑165 (MQ=255) ttCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAatat < 1:53434/169‑1 (MQ=255) ttCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTa > 1:297098/1‑251 (MQ=255) ttCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTa < 1:122161/251‑1 (MQ=255) cccATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTAAcc < 1:534752/251‑1 (MQ=255) cccATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTAAcc < 1:204035/251‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGAATATGAGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTAACCTCAAc > 1:560416/1‑245 (MQ=255) aGCCAGAGAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTAACCTCAACCTTGAAGATAACGGCAATCg > 1:309718/1‑250 (MQ=255) | TTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAACCAAAGCATTTTCCCCATCTTATGAAAAAGAAGAATATGAGCCAGATAAGCCTTGGAATATCATTAATTTAAATTTTAATGTTGGCACTAATGAAAATGCTAGTGCAGAATTAGATCATATGTTTTATCAGAATTTTTCTGATAAGCGTTATCCCAAACCAGTTTCTTTAATGAAATATATTTTGAATTTTAATTTAAATGTAGAAAGTCTTATTCTTGACTACTTCGCAGGTAGCGGCACAACCGCCCACGCTGTAATTAACCTCAACCTTGAAGATAACGGCAATCG > 1/1303052‑1303480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |